如何实现辅因子-配体对接蛋白

tienan0412 · 发表于 Post on 2023-9-20 10:43:07

本帖最后由 tienan0412 于 2023-9-22 14:21 编辑

各位大牛。
小弟在做autodock的时候，想把辅因子NADPH和配体都对接到一个蛋白上。
蛋白是alfafold给出的。
无论是单独对接NADPH还是配体都可以成功对接。
但是我以“蛋白-NADPH”复合物重新构建大分子的pdbqt文件后，在和配体对接就会失败。
报错结果如图所示。
请问这是什么原因。各位大牛有没有更好的方法？

tienan0412 · 发表于 Post on 2023-9-22 17:27:32

Serious 发表于 2023-9-21 13:09
给的信息比较少，不知道你的程序版本以及系统；
1）没生成.map文件：先检查一下你的”蛋白-NADPH“文件， ...

重新试了一次，问题已解决。感谢您。

tienan0412 · 发表于 Post on 2023-9-22 14:09:08

Serious 发表于 2023-9-21 13:09
给的信息比较少，不知道你的程序版本以及系统；
1）没生成.map文件：先检查一下你的”蛋白-NADPH“文件， ...

不好意思哈，我在楼下给您发详细信息。

Serious · 发表于 Post on 2023-9-21 13:09:27

给的信息比较少，不知道你的程序版本以及系统；
1）没生成.map文件：先检查一下你的”蛋白-NADPH“文件，在生成gpf文件时程序给出的信息；

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[分子对接] 如何实现辅因子-配体对接蛋白

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