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[其它程序] Lobster算COHP使用cohpbetween错误计算原子距离

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楼主
用lobster4.0.0和lobster5.0.0进行COHP计算,通过cohpbetween atom A atom B来指定相互作用的原子对,可能会不考虑pbc来计算原子距离,导致出错

如果使用cohpGenerator from distance 1 to distance 2 type A type B则能够正确找到原子对


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wypkdhd + 3 可以再说详细点。

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3#
发表于 Post on 2024-3-6 20:58:28 | 只看该作者 Only view this author
我在处理CuNi合金的COHP计算,Cu19个,Ni13个,cohpbetween atom 19 atom 1,这样指定原子出来是Cu19和Cu1的,在别的体系中,按照整体的POSCAR中原子序号来指定,也是序号对不上,这个原子序号是咋样一个指定法?

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Level 4 (黑子)

极天的流星雨

2#
发表于 Post on 2023-10-29 22:34:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shinkon 于 2023-10-30 00:05 编辑

我直接指定原子序号,似乎它也不认PBC,咋办

哦哦 似乎误会楼主意思了
主要使用软件:VASP
目前从事稀土发光相关的第一性原理计算。
以前曾从事:蛋白质水溶液的分子动力学计算(NAMD、Gromacs);钙钛矿相关的第一性原理计算。

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