计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 791|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Molclus] 二聚体构象优化成了一个分子

[复制链接 Copy URL]

11

帖子

0

威望

213

eV
积分
224

Level 3 能力者

为了获取同一个化合物二聚体最优构象,采用gromacs分子动力学模拟生成一系列初始构象,再经MOPAC进一步优化,得到了两分子成键的构象。尝试换用xtb优化,结果优化出来的构象和mopac一致。想知道,大家有没有别的解决办法。

202310041711209458..png (89.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

化合物结构

化合物结构

202310041700533770..png (8.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

xtb优化

xtb优化

202310041700225029..png (8.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

mopac优化

mopac优化

202310041659486759..png (7.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

分子动力学模拟产生的初始构象

分子动力学模拟产生的初始构象

xtb_cluster.xyz

79.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112466

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2023-10-4 19:48:36 | 只看该作者 Only view this author
看此文弄清楚VMD怎么判断成键的。建议对每帧重新判断成键免得视觉上被误导
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

1万

帖子

0

威望

7402

eV
积分
18167

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2023-10-4 17:29:49 | 只看该作者 Only view this author
是不是没有设体系的电荷?如果不设电荷,默认电荷是0
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-26 13:48 , Processed in 0.198703 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list