CentOS 8 Stream安装Gromacs2018.8遇到的问题

Liangyusheng

各位老师好，我想问下gromacs的安装遇到的问题，我按照社长的这篇博文http://sobereva.com/457一步一步安装，cmake3，fftw，然后是gromacs，之前电脑上装过cp2k，当时装的时候里面装过OpenMPI，就直接加了-DGMX_MPI=ON进行的MPI版本安装，系统是CentOS 8 Stream版本。安装完之后产生的文件夹是/opt/gmx2018.8，我退出终端重新运行终端输入gmx -version，但系统提示bash: gmx: command not found...，这是我的.bashrc文件，请问各位老师，这个问题是出在哪里呢？

Liangyusheng

snljty2 发表于 2023-10-28 23:28
认真看你引用的卢老师那篇博文的“注4”段落。

老师，非常感谢，我眼拙了，是调用的问题，安装没有问题，要用gmx_mpi调用

Liangyusheng

lyj714 发表于 2023-10-29 13:58
既然都开了mpi选项，所有的gmx命令都必须用gmx_mpi方式调用。所以没问题，gmx_mpi --version

好的老师，我明白了，非常感谢，确实是这个原因，要用gmx_mpi。

lyj714

既然都开了mpi选项，所有的gmx命令都必须用gmx_mpi方式调用。所以没问题，gmx_mpi --version

Liangyusheng

snljty2 发表于 2023-10-28 23:28
认真看你引用的卢老师那篇博文的“注4”段落。

老师您好，我是之前装过cp2k，按照卢老师给的cp2k安装方法装的，装的过程中就安装过OpenMPI了，.bashrc也加过那两行了，可执行文件我的/opt/gmx2018.8当中也有，gmx_mpi这个可执行文件是有的，但是就是查看gmx -version不返回我的gromacs安装版本，我还是没弄明白是什么原因呢。还请老师给我指明一下，非常非常感谢

laoman

snljty2 发表于 2023-10-28 23:28
认真看你引用的卢老师那篇博文的“注4”段落。

某些特殊情况，如awh，需要用-multidir的模式跑至少2-4个replica（至少4块GPU的机子），而-multidir模式还真得用MPI编译的才能跑

snljty2

认真看你引用的卢老师那篇博文的“注4”段落。

注4：编译GROMACS的MPI版本
GROMACS跨节点并行计算需要MPI库，支持OpenMPI>=1.6、MPICH>=1.4.1。在编译这种GROMACS之前首先要安装MPI库，这里用OpenMPI。去http://www.open-mpi.org下载OpenMPI最新版本，解压并进入此目录后运行以下命令，就会编译并安装OpenMPI到/sob/openmpi目录：
./configure --prefix=/sob/openmpi
make all install -j
之后在用户目录下的.bashrc末尾加入以下两行
export PATH=$PATH:/sob/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi/lib
然后重新进入终端使以上语句生效。之后编译GROMACS的方法同前，但在cmake3那一步额外加上-DGMX_MPI=ON选项。编译出来的可执行文件是gmx_mpi，比单机版本的可执行文件多了_mpi后缀。运行时候使用比如这样的命令：mpirun -np 16 gmx_mpi mdrun。
注：对于root用户，OpenMPI要求每次执行mpirun命令都得带着-allow-run-as-root选项才行，这很烦人，但可以通过在编译OpenMPI之前修改OpenMPI的源代码来避免，见《root用户在用openmpi并行计算时避免加--allow-run-as-root的方法》（http://sobereva.com/409）。

顺带一提，笔者在答疑时经常看到有人明明用的是单机并行，却非要装个MPI版GROMACS，这需要批评。因为这不仅需要多做一步，而且比起用默认方式基于thread-MPI和OpenMP的并行方式效率还更低，因此单机并行装MPI版完全是自取其辱。