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[GROMACS] Gromacs计算RMSD的参考选择最后一帧合理吗?

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本帖最后由 yaoshi1206 于 2023-11-22 23:28 编辑

请教老师们一个问题,在gmx 的配体(ligand)与蛋白骨架(backbone)的RMSD计算中,选择模拟剂的最后一帧作为参考合理吗?初始的复合物是通过分子对的方式得到的,在模拟剂过程中配体分布到更合适的构型。

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发表于 Post on 2023-11-24 07:09:11 | 只看该作者 Only view this author
取决于你算RMSD想干嘛
用最后一帧算RMSD也有人这么做,参考J. Chem. Phys., 109, 10115 (1998)
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发表于 Post on 2023-11-23 16:47:53 | 只看该作者 Only view this author
不合理啊朋友,你的RMSD目的就是看在一定尺度内是否能够稳定收敛,你这个图就是以最后一帧做得吧,很显然跟你的初始构象相差很大,我建议你优化下蛋白,不行的话重新挑一个对接POSE,并且把时间拉长到200ns看看效果
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