关于怎么用高斯模拟晶体状态进行计算

高章磊

在很多分子晶体中分子和分子之间是按一定规律排列的形成以晶胞为重复单元的晶体结构，不同的相邻分子之间也会存在相互作用。然而在高斯计算中我们通常只会计算一个分子的内部相互作用，这样的建模不论是进行结构优化还是进行ADMP计算都会忽略相邻分子对目标分子的相互作用。而我在想有没有办法单取晶体中的一个分子，然后对这个分子在晶体中上下左右前后的相邻分子进行切片，只计算切片对目标分子的相互作用从而模拟晶体结构进行分子动力学（MD）计算或者结构优化？我的老师说可以模拟出一个在目标分子周围的电子密度固定的环境，然后再计算什么的，但是他也不会具体的操作，有懂这方面的可以指教一下吗？或者告诉我该怎么学那方面的知识也可以，万分感谢。

注：我的计算大致如下第一张图是单个分子结构，第二个是晶体的结构。

sobereva

用Gaussian算这个属于瞎折腾，既不适合计算，而且计算那么大的簇也非常昂贵。直接用免费又非常高效的CP2K做周期性体系的几何优化、振动分析、分子动力学才是首选。

通过北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）可以一次性学明白，而且会发现CP2K结合Multiwfn和gview使用做这些计算相当简单。

snljty2

换第一性原理软件比如CP2K。