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[GROMACS] 求助:虚拟机安装gromcas2018发生报错

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我是按照卢老师的教程做的(http://sobereva.com/457
安装cmske3 和 安装 FFTW库都正常,但是安装gmx的最后一步 make install 发生如下报错


报错内容如下:
/root/下载/sob/gromacs-2018.8/src/gromacs/awh/biasparams.cpp:137:62: 错误:‘numeric_limits’不是‘std’的成员
  137 |        GMX_RELEASE_ASSERT(gridAxis[d].length()/sigma < std::numeric_limits<int>::max(), "The axis length in units of sigma should fit in an int");
      |                                                             ^~~~~~~~~~~~~~


/root/下载/sob/gromacs-2018.8/src/gromacs/utility/gmxassert.h:67:15: 附注:in definition of macro ‘GMX_RELEASE_ASSERT’
   67 |     ((void) ((condition) ? (void)0 : \
      |               ^~~~~~~~~
/root/下载/sob/gromacs-2018.8/src/gromacs/awh/biasparams.cpp:137:77: 错误:expected primary-expression before ‘int’
  137 | ASE_ASSERT(gridAxis[d].length()/sigma < std::numeric_limits<int>::max(), "The axis length in units of sigma should fit in an int");
      |                                                             ^~~


/root/下载/sob/gromacs-2018.8/src/gromacs/utility/gmxassert.h:67:15: 附注:in definition of macro ‘GMX_RELEASE_ASSERT’
   67 |     ((void) ((condition) ? (void)0 : \
      |               ^~~~~~~~~
/root/下载/sob/gromacs-2018.8/src/gromacs/awh/biasparams.cpp:137:77: 错误:expected ‘)’ before ‘int’
  137 | ASE_ASSERT(gridAxis[d].length()/sigma < std::numeric_limits<int>::max(), "The axis length in units of sigma should fit in an int");
      |                                                             ^~~


/root/下载/sob/gromacs-2018.8/src/gromacs/utility/gmxassert.h:67:15: 附注:in definition of macro ‘GMX_RELEASE_ASSERT’
   67 |     ((void) ((condition) ? (void)0 : \
      |               ^~~~~~~~~
/root/下载/sob/gromacs-2018.8/src/gromacs/utility/gmxassert.h:67:14: 附注:to match this ‘(’
   67 |     ((void) ((condition) ? (void)0 : \
      |              ^
/root/下载/sob/gromacs-2018.8/src/gromacs/awh/biasparams.cpp:137:9: 附注:in expansion of macro ‘GMX_RELEASE_ASSERT’
  137 |         GMX_RELEASE_ASSERT(gridAxis[d].length()/sigma < std::numeric_limits<int>::max(), "The axis length in units of sigma should fit in an int");
      |         ^~~~~~~~~~~~~~~~~~
/root/下载/sob


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发表于 Post on 2024-5-2 00:01:21 | 只看该作者 Only view this author
半年后再看,不知楼主是否解决此问题,不过还是转载下gromacs论坛某讨论帖的措施:
加 #include <limits> 到 src/gromacs/awh/biasparams.cpp 和 src/gromacs/mdlib/minimize.cpp 两个文件的顶部
为参加这几天的分子动力学培训班,我在win 11笔记本的VMware 16.1.1上Rocky Linux 9.3虚拟机中用gcc 11.4.1编译GROMACS 2018.8,也遇到同样的以" 'numeric_limits' is not a member of 'std' "开头的一串报错,按上述方法修改后即可成功编译。

√546=23.36664289109

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楼主
发表于 Post on 2023-12-5 15:15:12 | 只看该作者 Only view this author
把软件环境(操作系统、gcc版本)交代清楚

gromacs、cmake都没拼对
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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