进行添加离子操作时，出现与LJ-14相关的定义的报错

ngaoo · 发表于 Post on 2023-12-14 21:29:00

老师，我在进行到添加离子的操作时，报错：ERROR 1 [file Rhs.itp, line 206]:No default LJ-14 types
Rhs为我的配体分子

topol.top (1.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

Rhs.itp (22.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 3) 这是配体itp和top文件

ngaoo · 发表于 Post on 2023-12-15 19:08:50

牧生发表于 2023-12-15 16:02
2楼已经说了，蛋白用amber力场，配体用gaff

好的，老师，已经解决了。感谢

牧生 · 发表于 Post on 2023-12-15 16:02:37

ngaoo 发表于 2023-12-15 15:00
老师，我的蛋白质用的是GROMOS96 53a6力场，我的配体分子用的是sobtop产生的基于GAFF力场的拓扑文件，那 ...

2楼已经说了，蛋白用amber力场，配体用gaff

ngaoo · 发表于 Post on 2023-12-15 15:00:35

本帖最后由 ngaoo 于 2023-12-15 15:20 编辑

sobereva 发表于 2023-12-14 21:52
明明你是用的sobtop产生基于GAFF的力场的拓扑文件，怎么能include CHARMM力场的forcefield.itp？GAFF和CHAR ...

老师，我的蛋白质用的是GROMOS96 53a6力场，我的配体分子用的是sobtop产生的基于GAFF力场的拓扑文件，那我目前应该怎么去生成配体的拓扑文件？

在这些选项中选择哪个力场呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-14 21:52:58

明明你是用的sobtop产生基于GAFF的力场的拓扑文件，怎么能include CHARMM力场的forcefield.itp？GAFF和CHARMM根本不兼容，属于基本的力场常识知识
蛋白质用AMBER力场描述

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[GROMACS] 进行添加离子操作时，出现与LJ-14相关的定义的报错