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[GROMACS] 能量最小化后,MD能正常运行,但是发现部分分子断裂,请问怎么解决

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本帖最后由 lzj-ustb 于 2023-12-27 10:49 编辑

用packmol生成三明治界面模型,中间为氯离子,钠离子和水,两层为两性表面活性剂,总电荷为0
这是单个表活的pdb 文件和体系的pdb
bs-12.pdb (5.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
用的GAFF力场,Sobtop生成的itp。这是能量最小化和动力学的mdp文件top文件,还有表面活性剂分子的itp文件
NVT,没有冻结,约束,初速度
没有特殊的原子,观察结构没有问题
em.mdp (388 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4) eq.mdp (665 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3) mix.top (277 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5) bs-12.itp (44.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)
一共1ns,最后几帧发现有表面活性剂分子断裂了,500ps时还没有断裂
各种设置都很常见。请问可能是什么原因,如何解决?
谢谢老师!
断裂的结构文件和图片
eq.rar (730.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)


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发表于 Post on 2023-12-28 10:12:18 | 只看该作者 Only view this author
lzj-ustb 发表于 2023-12-27 10:50
已上传断裂的结构文件和图片,请老师再看看,谢谢老师!

把盒子边框显示出来。看上去只不过是被盒子边缘截断的,这种情况没什么问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-27 21:24:27 | 只看该作者 Only view this author
lmch 发表于 2023-12-27 15:56
**** 本内容被作者隐藏 ****

算了,itp文件里[atoms]有电荷信息

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发表于 Post on 2023-12-27 15:56:10 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-27 14:57:12 | 只看该作者 Only view this author
xsc6 发表于 2023-12-27 11:20
你这个是不是在盒子边上跑出盒子了呀,此外没有gro和xtc文件 没法看轨迹

你好,图片下边是gro文件啊,压缩过的。

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发表于 Post on 2023-12-27 11:20:30 | 只看该作者 Only view this author
lzj-ustb 发表于 2023-12-27 10:50
已上传断裂的结构文件和图片,请老师再看看,谢谢老师!

你这个是不是在盒子边上跑出盒子了呀,此外没有gro和xtc文件 没法看轨迹
不羡大神不羡仙,努力学习每一天

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-27 10:50:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-27 01:57
没有断裂时候的结构文件或截图,没法判断是什么情况

已上传断裂的结构文件和图片,请老师再看看,谢谢老师!

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发表于 Post on 2023-12-27 01:57:31 | 只看该作者 Only view this author
没有断裂时候的结构文件或截图,没法判断是什么情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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