恳请大家帮帮看一下我的PDBQT文件格式出错在哪

ch3r · 发表于 Post on 2023-12-27 17:53:58

我是用ADT1.5.7进行准备的去水加氢的PDBQT文件，打算使用脚本在centos7中进行虚拟筛选，vina版本为1.2.3，但一直报错说我第一行的格式有问题，我也查询过官方教程，没发现错误，麻烦大家帮忙看一下到底问题出现在哪里。

ch3r · 发表于 Post on 2024-1-2 11:39:15

hjj6761071 发表于 2023-12-28 18:19
能用啊！！！

真的很奇怪，我单独用一个配体和它对接使用vina的时候就能够应用，但是我用虚拟筛选的时候就识别不了0.0

ch3r · 发表于 Post on 2024-1-2 11:37:35

Serious 发表于 2023-12-28 11:29
1）这类错误大概率是input pdb文件有格式问题；
2）蛋白可以试试用pymol等软件重新保存一份pdb，ADFR的pre ...

感谢提供思路，我会尝试一下的，谢谢了

hjj6761071 · 发表于 Post on 2023-12-28 18:20:45

我也是vina1.2.3

hjj6761071 · 发表于 Post on 2023-12-28 18:19:25

能用啊！！！

Serious · 发表于 Post on 2023-12-28 11:29:00

1）这类错误大概率是input pdb文件有格式问题；
2）蛋白可以试试用pymol等软件重新保存一份pdb，ADFR的prepare_receptor加氢；以及跨平台的文件“:set ff=unix”，我能想到的就这些了。。

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