求助：怎么把amber的mdcrd轨迹文件转为gromacs的xtc?

灵芝5

老师，您好：

       我用amber跑了一段轨迹，文件格式是mdcrd。想转成gromacs的xtc格式，再对轨迹进行处理。我按照下面的步骤转化：

（1）先用cpptraj的指令把mdcrd转成xtc。
（2）再用acpype.py脚本，把prmtop和inpcrd转成top和gro。
（3）再用gromacs的editconf把gro转成pdb。之后开始处理轨迹。

      但是在center轨迹的时候，需要用到trjconv的-pbc选项，这个选项只能用初始结构的tpr作为参考结构。但是我没有。
请问老师怎么获得初始结构的tpr文件？或者有其它方法可以顺利转化并处理xtc轨迹吗？


谢谢老师！

sobereva

VMD载入AMBER的轨迹，save coordinte选择trr保存新轨迹就完事了（之后可以trjconv再转成xtc），这是最简单的做法，都用不着脚本

Shinecyh

我之前也找了好久怎么转换，后面发现MDAnalysis包非常方便。下面是我写的代码，记得在有MDAnalysis的环境中运行：

1. #!/usr/bin/env python
   
2. """
   
3. Amber转Gromacs极简脚本
   
4. """
   
5. 
   
6. import MDAnalysis as mda
   
7. import sys
   
8. 
   
9. def convert_amber_to_gmx(prmtop, nc_traj, output_prefix="system"):
   
10.     """
    
11.     最简单的转换函数
    
12.     """
    
13.     print(f"转换: {prmtop} + {nc_traj} -> {output_prefix}.{{gro,xtc}}")
    
14.    
    
15.     # 1. 加载文件
    
16.     print("加载Amber文件...")
    
17.     u = mda.Universe(prmtop, nc_traj)
    
18.    
    
19.     print(f"  原子数: {len(u.atoms):,}")
    
20.     print(f"  残基数: {len(u.residues):,}")
    
21.     print(f"  轨迹帧数: {len(u.trajectory):,}")
    
22.    
    
23.     # 2. 保存第一帧为gro
    
24.     print("保存结构文件...")
    
25.     u.trajectory[0]  # 跳转到第一帧
    
26.     u.atoms.write(f"{output_prefix}.gro")
    
27.     print(f"  ✓ {output_prefix}.gro")
    
28.    
    
29.     # 3. 保存轨迹为xtc
    
30.     print("转换轨迹文件...")
    
31.     with mda.Writer(f"{output_prefix}.xtc", u.atoms.n_atoms) as W:
    
32.         for i, ts in enumerate(u.trajectory):
    
33.             W.write(u.atoms)
    
34.             if i % 100 == 0:
    
35.                 print(f"  已处理 {i+1}/{len(u.trajectory)} 帧")
    
36.    
    
37.     print(f"  ✓ {output_prefix}.xtc")
    
38.     print("转换完成!")
    
39.    
    
40.     return f"{output_prefix}.gro", f"{output_prefix}.xtc"
    
41. 
    
42. # 命令行接口
    
43. if __name__ == "__main__":
    
44.     if len(sys.argv) < 3:
    
45.         print("用法: python amber2gmx.py amber.prmtop trajectory.nc [output_prefix]")
    
46.         print("示例: python amber2gmx.py system.prmtop md.nc system")
    
47.         sys.exit(1)
    
48.    
    
49.     prmtop_file = sys.argv[1]
    
50.     nc_file = sys.argv[2]
    
51.     output = sys.argv[3] if len(sys.argv) > 3 else "system"
    
52.    
    
53.     convert_amber_to_gmx(prmtop_file, nc_file, output)

复制代码

许正东

老师好，请问您最后解决了吗？tpr文件生成出来了吗？还有就是amber生成的轨迹，转为gromacs-xtc后，需要去周期性吗？

FanZhou

灵芝5 发表于 2023-12-27 21:29
老师，您好：
谢谢您的解答！

我在别处看到
sed 's/ 2C / CT /g' system_solv_GMX.top | sed 's/ 3C / CT /g' | sed 's/ IP / Na+/' | sed 's/ IM / Cl-/' > system_solv_GMX_corr.top

链接：https://jamesmccarty.github.io/r ... er2gro#reorder-ions
希望有帮助

灵芝5

老师，您好：
谢谢您的解答！

我试了用（2）获取到top和gro和grompp命令生成tpr文件，但是程序报错如下：

应该是体系中有POPC的原因。请问这个怎么解决？我把top和gro文件上传到附件了。

谢谢您。

mol

您通过（2）获取到top和gro之后就可以用grompp命令生成tpr文件了