求助使用amber中的MMPBSA.py计算QM/MM PBSA的方法选择问题

MrMr浩

请问用过amber中的MMPBSA.py的朋友，QM的方法只能选择amber自带的那些半经验方法吗，可以像amber中跑QM/MM MD那样外接量化软件，用DFT算QM/MM PBSA嘛？

Huschein

Serious 发表于 2023-12-29 18:52
1）前期的搭建工作固然重要繁多；
2）还没试过在QM/MM的基础加上PBSA。。如果是小分子与受体的结合自由 ...

QM的PBSA感觉没必要，有这时间可以去FEP了。除非是针对一些极特殊体系吧，反应过程中的结合能？

Serious

Huschein 发表于 2023-12-29 14:31
理论当然简单，但是你要自己改源码，找到两个程序的interface，自己写好，我说实话你interface写好，测几 ...

1）前期的搭建工作固然重要繁多；
2）还没试过在QM/MM的基础加上PBSA。。如果是小分子与受体的结合自由能，用TI或FEP，精度也不错；不清楚QM/MM PBSA的适用场景了。。

Huschein

MrMr浩 发表于 2023-12-29 08:30
那请问amber自带的那些半经验方法，精度比较好的是哪些呢，我现在用的是PM6

没用过QM的PBSA，你看看有没有PM6的一些校正版，比如PM6H3之类的，PM6也凑合

Huschein

Serious 发表于 2023-12-28 14:19
1）感觉应该是可以的。△G≈E(QM/MM, gas)+△G(PBSA, solv)，算QM/MM的轨迹也用来算PBSA。魔改一下sander。 ...

理论当然简单，但是你要自己改源码，找到两个程序的interface，自己写好，我说实话你interface写好，测几个不同的体系，对比下实验Km，你都可以再发一篇了

MrMr浩

Huschein 发表于 2023-12-28 13:54
直接去看PBSA模块，有就是有，没有就是没有，PBSA不支持interface外接的

那请问amber自带的那些半经验方法，精度比较好的是哪些呢，我现在用的是PM6

Serious

1）感觉应该是可以的。△G≈E(QM/MM, gas)+△G(PBSA, solv)，算QM/MM的轨迹也用来算PBSA。魔改一下sander。。
2）以上为想法，没做过QM/MM PBSA。。

Huschein

直接去看PBSA模块，有就是有，没有就是没有，PBSA不支持interface外接的

sobereva

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