使用NAMD对Au金球进行模拟，找不到含有Au粒子的prm文件

爱人只爱辣辣米 · 发表于 Post on 2023-12-28 15:11:22

如题，有几个问题想请教一下各位老师、同学。
首先，使用NAMD对纳米级的金属离子进行模拟合适吗，我之前只用NAMD进行过蛋白质的模拟，不合适的话有什么软件推荐呢；
第二，我在建模的时候发现inorganic builder中含有Au的top文件，但是没有inp文件或者prm文件；好像charmm、amber力场里也没有Au的拓扑文件，请问一下应该在哪找呢？

谢谢各位老师同学了。

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-12-29 17:20:41

使用CHARMM-GUI中的inorganic builder就可以生成Au晶体，里面包含NAMD模拟所需的所有文件

爱人只爱辣辣米 · 发表于 Post on 2023-12-29 10:09:19

我想请教的就是金属团簇的力场，感谢sob老师指点！！红豆泥阿里嘎多！

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-29 04:55:52

“纳米级的金属离子” 是什么东西？一般纳米级说的是金属团簇（金属纳米颗粒），而不是离子

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）专门有讲金属的模拟部分，里面提到了可以用的力场

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[NAMD] 使用NAMD对Au金球进行模拟，找不到含有Au粒子的prm文件

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