求助反应过渡态可以确定，怎么用Gaussian寻找反应中间体

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-1-2 10:47:26

各位老师，作为高斯初学者，已知一个反应理论上机理，反应过渡态可以确定，但是计算出的能垒有点偏高，就想再寻找一个反应中间体，该怎么寻找正确的中间体，请求各位大神指点，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-3 03:27:06

Lzw1281 发表于 2024-1-2 18:43
首先谢谢您的回复我看了我那个过渡态频率振动方向确实是我要找的那个方向。我现在就是用过渡态的结构 ...

说明之前的过渡态就没找对，可能找到的是一个本来就难发生的反应方式的过渡态。当然也不排除是计算有硬伤、计算级别不合理，或者计算模型本身就有问题、与实验没有可比性等原因。
实验容易发生而计算出来的势垒太高的可能原因，下文末尾都有提到
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506（http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html）

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-1-2 18:43:04

imasen 发表于 2024-1-2 16:58
你现在找的是过渡态而不是中间体，中间体在势能面上是个极小点，而过渡态是一个一阶鞍点，这是两个不一样 ...

首先谢谢您的回复我看了我那个过渡态频率振动方向确实是我要找的那个方向。我现在就是用过渡态的结构来跑IRC并且加上了Reverse关键词。结果发现结构端点一处的产物并不是我想要找的中间体。我接下来给怎么做呢？

imasen · 发表于 Post on 2024-1-2 16:58:44

Lzw1281 发表于 2024-1-2 14:47
我还有个问题就是如果一端优化的结果和我的反应物一样的话是不是就意味着这个反应没有中间体呢？

你现在找的是过渡态而不是中间体，中间体在势能面上是个极小点，而过渡态是一个一阶鞍点，这是两个不一样的概念。IRC两端相同可能是因为你过渡态找的并不正确，你需要查看过渡态虚频方向是不是你需要的反应方向。可能因为方法不合适你现在找到的是过渡态附近靠近反应物一侧的一个点。

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-1-2 14:47:56

sai77 发表于 2024-1-2 14:01
过渡态跑一个IRC，取一端的结构再优化，看看能垒多少，以及跟你的起始物结构的差别在哪里

我还有个问题就是如果一端优化的结果和我的反应物一样的话是不是就意味着这个反应没有中间体呢？

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-1-2 14:46:12

for_you 发表于 2024-1-2 11:12
反应的能垒偏高，可以尝试在过渡态结构里对可旋转的单键进行二面角的调整，使各个基团处于相互之间位阻较小 ...

好的我试试谢谢您的回复

Lzw1281 · 发表于 Post on 2024-1-2 14:45:30

sai77 发表于 2024-1-2 14:01
过渡态跑一个IRC，取一端的结构再优化，看看能垒多少，以及跟你的起始物结构的差别在哪里

好的我来试试谢谢您的解答

sai77 · 发表于 Post on 2024-1-2 14:01:52

过渡态跑一个IRC，取一端的结构再优化，看看能垒多少，以及跟你的起始物结构的差别在哪里

for_you · 发表于 Post on 2024-1-2 11:12:25

反应的能垒偏高，可以尝试在过渡态结构里对可旋转的单键进行二面角的调整，使各个基团处于相互之间位阻较小的位置，能垒可能会降低一些。

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