|
|
本帖最后由 love_yy 于 2024-1-3 15:23 编辑
- 比如我想向8核集群提交ORCA单点能计算任务，输入文件是（在自己电脑虚拟机跑没问题）：
！ wB97M-V def2-TZVP def2/J RIJCOSX strongSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore 2000
%pal nprocs 7 end%cpcm
smd true
SMDsolvent “water”
end
·····
然而，出现如下调用CPU线程报错：
系统中没有足够的插槽来满足应用程序请求的 7 个插槽： /root/software/orca/orca-504/orca_gtoint_mpi
为应用程序请求更少的插槽，或者提供更多的插槽可供使用。“插槽”是 Open MPI 术语，用于表示我们可以在其中启动进程的可分配单元。可用插槽数由运行 Open MPI 进程的环境定义：
1. 主机文件，通过“slots=N”子句（如果未提供，N 默认为处理器内核数）
2.--host 命令行参数，通过主机名上的“：N”后缀（如果未提供，则 N 默认为 1）
3.资源管理器（例如 SLURM、PBS/Torque、LSF 等）
4. 如果主机文件、--host 命令行参数或 RM 均不存在，则 Open MPI 默认为处理器内核数
在上述所有情况下，如果希望 Open MPI 默认为硬件线程数而不是处理器内核
数，请使用 --
use-hwthread-cpus 选项。
或者，您可以使用 --oversubscribe 选项在决定要启动的进程数时忽略可用插槽的数量。
之后：
- 使用“--use-hwthread-cpus ”命令后仍然有如下报错，
# mpirun -np 6 --use-hwthread-cpus orca /root/Desktop/new-energy/21/21-2.inp
/usr/lib64/python2.7/site-packages/orca/orca.py：52： PyGIWarning：Gtk 是在没有指定版本的情况下导入的。在导入之前使用 gi.require_version（'Gtk'， '3.0'） 以确保加载正确的版本。
from gi.repository import Gtk mpirun 检测到一个或多个进程以非零状态退出，从而导致作业终止。执行此操作的第一个进程是： 进程名称：[[33512,1]，3]
退出代码：
1
2 。使用--oversubscribe 后报错同1。
超算上装过slurm，但是由于超算租用过程中每次重新用节点的ip都会变，嫌麻烦。所以求教大家有没有不用作业调度系统也能让orca顺利用调用多进程的？谢过大家伙了！
|
|
发表于 Post on 2024-1-2 12:55:17
|
只看该作者 Only view this author
|只看大图 View big picture
|正序浏览
|阅读模式 Reading model
收藏 Add to favorites
楼主 Author
