host-guest相互作用能的计算过程

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-1-18 21:46:13

1）Counterpoise会直接计算出校正后的相互作用能，但是counterpoise计算的时候是基于host与guest结合后的构象（一个完全撑开的host）。这个完全撑开的host不是host的能量最低的构象。
请问可以用host-guest complex, host, guest各自最稳定的结构的能量相减，然后加上从host-guest complex计算的BSSE吗？这样计算的相互作用能是不是更准确？

2）counterpoise得到的是电子能，不是自由能。如果要和实验中的结合常数比较，就得用到delta G。

请问可以在1)的计算过程中，就是host-guest complex，host，guest的电子能上加上D3校正的自由能校正项，最后加上BSSE，这样计算相互作用的自由能吗？

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-6-5 14:54:26

wzkchem5 发表于 2024-6-4 16:04
首先，频率加gcp而结构优化没加，结果没有任何意义，因为频率和结构优化的理论级别必须统一。
其次，对 ...

我后来在原来没加gcp优化的结构基础上重新优化并加了gcp，最后得到的能量是合理范围。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-6-4 16:04:23

Oliviaw 发表于 2024-5-30 09:32
我有个结构在优化的时候忘了加gcp，但是频率和单点都加了gcp，这个结构的binding energy比别的全部计算过 ...

首先，频率加gcp而结构优化没加，结果没有任何意义，因为频率和结构优化的理论级别必须统一。
其次，对于很大的、面对面堆积的分子，double zeta基组下，BSSE确实可以很大，BSSE高达30kcal/mol的情况都是有的

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-5-30 16:32:15

wzkchem5 发表于 2024-1-30 02:13
从优化就可以加入。这个也是gCP的优点之一，可以用于结构优化。一旦优化加入了，频率也应该加（为了和优 ...

我有个结构在优化的时候忘了加gcp，但是频率和单点都加了gcp，这个结构的binding energy比别的全部计算过程加了gcp的binding energy 低11kcal/mol。优化的时候没有加gcp的影响会这么大吗？gcp对优化过程是只影响能量，还是也会影响最终结构？如果都没有太大影响，我就不知道怎么解释为什么这个结构低11kcal/mol了。

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-2-1 21:36:52

wzkchem5 发表于 2024-1-31 17:11
可以。建议不要问某个特定的基组和特定的泛函能否搭配使用，那样永远也问不完。def2系列基组基本就是为DF ...

类似体系的好几篇计算的文章，包括benchmark文章，都是只在能量计算的时候使用大基组。

那应该是结构对BSSE不敏感。

谢谢您！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-31 17:11:52

Oliviaw 发表于 2024-1-31 06:27
请问ma-def2-TZVPP可以和PBE或者M06-2X配合使用吗？

我怎么判断一个结构是否对BSSE敏感？

可以。建议不要问某个特定的基组和特定的泛函能否搭配使用，那样永远也问不完。def2系列基组基本就是为DFT计算设计的，其中带极化函数比较多的版本同时也可用于post-HF计算。所以一个def2基组只要可以用于单点能计算，必然可以用于DFT单点能计算，不论是什么泛函。
判断结构对BSSE是否敏感的方法是，想象一下假如你加大基组，是否会对结构有明显影响。（当然如果你能算得动大基组，就可以直接算了。）如果既想象不出来又算不动，就查文献类似体系的benchmark结果

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-31 17:04:55

Oliviaw 发表于 2024-1-31 06:50
ma-def2-TZVPP仅高斯支持，ORCA不支持。

如果用orca算的话，可以麻烦建议一下可以用的大基组吗？

orca支持啊，起码从5.0以后是支持的，特别老的版本另说

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-1-31 13:50:46

wzkchem5 发表于 2024-1-31 00:56
对
频率如果加大基组，那么结构优化必须也加大基组。至于是否需要加大结构优化和频率的基组，取决于你的 ...

ma-def2-TZVPP仅高斯支持，ORCA不支持。

如果用orca算的话，可以麻烦建议一下可以用的大基组吗？

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-1-31 13:27:25

wzkchem5 发表于 2024-1-31 00:56
对
频率如果加大基组，那么结构优化必须也加大基组。至于是否需要加大结构优化和频率的基组，取决于你的 ...

请问ma-def2-TZVPP可以和PBE或者M06-2X配合使用吗？

我怎么判断一个结构是否对BSSE敏感？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-31 00:56:17

Oliviaw 发表于 2024-1-30 16:05
请问是不是加足够大的基组就意味着不用使用gCP？

6-311G(d)优化过程收敛特别费劲，收敛时间特别长，同 ...

对
频率如果加大基组，那么结构优化必须也加大基组。至于是否需要加大结构优化和频率的基组，取决于你的结构对BSSE是否敏感，我觉得如果你需要的精度不是特别高的话，问题应该不太大

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-1-30 23:05:12

wzkchem5 发表于 2024-1-30 21:53
如果是为了避免计算BSSE，可以考虑加得再大一些，比如ma-def2-TZVPP。只要SCF收敛没有特别大的困难，那么 ...

请问是不是加足够大的基组就意味着不用使用gCP？

6-311G(d)优化过程收敛特别费劲，收敛时间特别长，同样的基组计算频率耗时也快赶上优化的时长了。
如果用大基组做优化和频率计算，感觉耗不起。
如果只是用溶剂化单点能，加大基组应该没问题。
请问您说的是溶剂化单点能加足够大的基组吗？还是说频率也要加大基组？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-30 21:53:35

Oliviaw 发表于 2024-1-30 07:10
优化时间太长了，应该最后只在算能量的时候用大基组。我现在计算能量的基组是6-311+G(d,p)，请问我改成de ...

如果是为了避免计算BSSE，可以考虑加得再大一些，比如ma-def2-TZVPP。只要SCF收敛没有特别大的困难，那么即使基组加这么大，计算时间应该也比你的小基组频率计算快

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-1-30 14:10:35

wzkchem5 发表于 2024-1-30 02:13
从优化就可以加入。这个也是gCP的优点之一，可以用于结构优化。一旦优化加入了，频率也应该加（为了和优 ...

优化时间太长了，应该最后只在算能量的时候用大基组。我现在计算能量的基组是6-311+G(d,p)，请问我改成def2-TZVP是不是可以了，请问您有没有建议的基组呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-30 02:13:23

Oliviaw 发表于 2024-1-29 15:27
您好，请问gCP最好在哪个步骤加入，优化，频率计算还是能量计算呢？

从优化就可以加入。这个也是gCP的优点之一，可以用于结构优化。一旦优化加入了，频率也应该加（为了和优化理论级别一致），单点能也要加（为了理论级别大于等于优化级别）。
如果不想重新优化结构，只想算单点能的时候加的话，可能会被问为什么优化结构的时候不加，不好回答。这种情况下如果是我的话，就改成把单点能基组加大一些，靠让基组足够大来让BSSE可以忽略不计

Oliviaw · 发表于 Post on 2024-1-29 22:27:08

wzkchem5 发表于 2024-1-29 20:06
对，但实际计算过程不需要单独计算“host-guest complex的BSSE”。因为要算分子内BSSE，本来也要借助于gC ...

您好，请问gCP最好在哪个步骤加入，优化，频率计算还是能量计算呢？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] host-guest相互作用能的计算过程