Multiwfn显示段错误，Segmentation fault (core dumped)

wswrpd

我想做一个CDA，按照CH3NH2的例子处理自己的Donor-Acceptor的体系。Gaussian运行一切正常，然后formchk转换chk成fchk也没有问题。
但是用Multiwfn读入显示下面的错误：

分子的输入文件是：
%nprocshared=10
%mem=10GB
%chk=1_PDIPE.chk
# b3lyp/6-31g** nosymm pop=full IOp(3/33=1,3/32=2)

PDIPE for CDA

0 1
H                  2.34450900    6.51487500   -0.72907200
H                  1.15012100    6.93214100   -1.98238800
H                  1.98461100    8.21524500   -1.09239100
H                 -0.01695300    0.27693300    1.28493500
H                  1.34762400    8.64482800    1.39415700
H                  0.12303900    7.61859300    2.15636300
H                  1.73091400    6.95450700    1.77929000
H                 -6.74934200   -5.35164000   -2.14998000
H                 -5.58693200   -6.33497700   -1.22677300
H                 -7.30201400   -6.79092300   -1.27966800
H                 -6.93039700   -5.24865700    2.16427800
H                 -7.42609600   -6.72314300    1.31924100
H                 -5.70727100   -6.28464400    1.38971000
H                 -0.30510700    7.96635300   -0.26482000
H                 -7.93890800   -4.77355100   -0.05394400
H                 -5.50101300    3.53043800   -0.92930600
H                 -2.10802000   -3.61382500    0.14895300
H                 -7.81867400   -0.19131800   -0.27602900
H                 -6.57336600    1.94452600   -0.34282600
H                  1.19870200    2.42125200    1.32014300
H                 -4.19031500    5.62604400   -0.98101700
C                 -3.92501000   -0.17886300    0.04622900
C                 -4.63350300    1.04766900   -0.14312100
C                 -3.87274000    2.30071300   -0.25452300
C                 -2.48599400    2.28136100    0.06927800
C                 -1.80568400    1.06978900    0.40763300
C                 -2.50431700   -0.21138300    0.22276100
C                 -4.45702000    3.49997000   -0.64056900
C                 -1.76711300    3.50459200    0.08173700
C                 -2.39835100    4.70463700   -0.30593000
C                 -3.72519400    4.69434600   -0.67705700
C                 -1.65122300    5.98949500   -0.31986000
C                  0.36598600    4.79524000    0.46135500
C                 -0.41752800    3.53347300    0.49670400
C                  0.17750800    2.38107200    0.95308000
C                 -0.51691100    1.16130100    0.91583700
C                 -1.85617300   -1.45879100    0.19152800
C                 -4.66193900   -1.39108700    0.02401200
C                 -6.01872200    1.01939800   -0.23976600
C                 -6.06551700   -1.37987700   -0.08890500
C                 -6.73657000   -0.18140700   -0.20195700
C                 -2.61857900   -2.65687600    0.14533500
C                 -3.98501400   -2.62946100    0.09870600
C                 -4.73302200   -3.91618800    0.08112300
C                 -6.84428800   -2.64653900   -0.08922800
C                 -6.90467500   -5.11177700   -0.00023500
C                  0.44485600    7.23946800    0.04520400
C                 -6.71942600   -5.88789900    1.30196500
C                 -6.60634000   -5.94708700   -1.24351400
C                  0.94526600    7.62807400    1.43487900
C                  1.55331400    7.21340200   -1.00512700
N                 -0.30431500    5.95615400    0.07429100
N                 -6.12411300   -3.84658300    0.00355600
O                 -8.05697600   -2.63693600   -0.16705800
O                 -4.15131800   -4.98292900    0.13443800
O                 -2.18704800    7.02484400   -0.66343500
O                  1.54745900    4.81081500    0.75628000
C                 -0.44146100   -1.64439000    0.14033400
C                  0.73936400   -1.91639800    0.05309000
H                  6.11270500   -5.27277300    0.03039500
H                 10.17344600   -3.94988000   -0.03444200
H                 10.69679100   -1.58366300   -0.12537000
H                  1.61669800    0.41242200   -0.31850800
H                  4.22473000   -4.85172600    0.15017200
H                  3.27983000    2.24075900   -0.41959100
H                  1.84589800   -4.31068200    0.18227500
H                  5.67497100    1.73577300   -0.34905600
H                  8.50204700   -5.78044600    0.03610200
H                  7.56828300    1.32322600   -0.24489000
H                  9.94927600    0.77962900   -0.21636700
C                  4.48529000   -1.45748400   -0.12269400
C                  4.90584800   -2.82199900   -0.03108700
C                  6.34628500   -3.14020500   -0.04308000
C                  7.29719200   -2.07389600   -0.09964600
C                  6.88180000   -0.70800800   -0.16592200
C                  5.43824700   -0.39145500   -0.19684600
C                  6.80951000   -4.44369700   -0.00046000
C                  8.68873200   -2.38128300   -0.09085900
C                  9.10880400   -3.73332500   -0.03903800
C                  8.18409800   -4.74342300    0.00117100
C                  9.63991000   -1.33229700   -0.13459600
C                  9.22495200   -0.02799700   -0.18584500
C                  7.85127100    0.27824000   -0.20252800
C                  4.97680400    0.90944200   -0.29232800
C                  3.09466400   -1.14676600   -0.13429900
C                  3.93920600   -3.81026200    0.06869100
C                  2.13463200   -2.20374300   -0.01082100
C                  2.57278700   -3.51111500    0.08503400
C                  3.60348200    1.20704400   -0.33267800
C                  2.67789000    0.19807700   -0.26088300


片段1（Acceptor）：
%nprocshared=4
%mem=8GB
%chk=1_PDI.chk
# b3lyp/6-31g** nosymm pop=full IOp(3/32=2)

PDI for CDA

0 2
H                  2.34450900    6.51487500   -0.72907200
H                  1.15012100    6.93214100   -1.98238800
H                  1.98461100    8.21524500   -1.09239100
H                 -0.01695300    0.27693300    1.28493500
H                  1.34762400    8.64482800    1.39415700
H                  0.12303900    7.61859300    2.15636300
H                  1.73091400    6.95450700    1.77929000
H                 -6.74934200   -5.35164000   -2.14998000
H                 -5.58693200   -6.33497700   -1.22677300
H                 -7.30201400   -6.79092300   -1.27966800
H                 -6.93039700   -5.24865700    2.16427800
H                 -7.42609600   -6.72314300    1.31924100
H                 -5.70727100   -6.28464400    1.38971000
H                 -0.30510700    7.96635300   -0.26482000
H                 -7.93890800   -4.77355100   -0.05394400
H                 -5.50101300    3.53043800   -0.92930600
H                 -2.10802000   -3.61382500    0.14895300
H                 -7.81867400   -0.19131800   -0.27602900
H                 -6.57336600    1.94452600   -0.34282600
H                  1.19870200    2.42125200    1.32014300
H                 -4.19031500    5.62604400   -0.98101700
C                 -3.92501000   -0.17886300    0.04622900
C                 -4.63350300    1.04766900   -0.14312100
C                 -3.87274000    2.30071300   -0.25452300
C                 -2.48599400    2.28136100    0.06927800
C                 -1.80568400    1.06978900    0.40763300
C                 -2.50431700   -0.21138300    0.22276100
C                 -4.45702000    3.49997000   -0.64056900
C                 -1.76711300    3.50459200    0.08173700
C                 -2.39835100    4.70463700   -0.30593000
C                 -3.72519400    4.69434600   -0.67705700
C                 -1.65122300    5.98949500   -0.31986000
C                  0.36598600    4.79524000    0.46135500
C                 -0.41752800    3.53347300    0.49670400
C                  0.17750800    2.38107200    0.95308000
C                 -0.51691100    1.16130100    0.91583700
C                 -1.85617300   -1.45879100    0.19152800
C                 -4.66193900   -1.39108700    0.02401200
C                 -6.01872200    1.01939800   -0.23976600
C                 -6.06551700   -1.37987700   -0.08890500
C                 -6.73657000   -0.18140700   -0.20195700
C                 -2.61857900   -2.65687600    0.14533500
C                 -3.98501400   -2.62946100    0.09870600
C                 -4.73302200   -3.91618800    0.08112300
C                 -6.84428800   -2.64653900   -0.08922800
C                 -6.90467500   -5.11177700   -0.00023500
C                  0.44485600    7.23946800    0.04520400
C                 -6.71942600   -5.88789900    1.30196500
C                 -6.60634000   -5.94708700   -1.24351400
C                  0.94526600    7.62807400    1.43487900
C                  1.55331400    7.21340200   -1.00512700
N                 -0.30431500    5.95615400    0.07429100
N                 -6.12411300   -3.84658300    0.00355600
O                 -8.05697600   -2.63693600   -0.16705800
O                 -4.15131800   -4.98292900    0.13443800
O                 -2.18704800    7.02484400   -0.66343500
O                  1.54745900    4.81081500    0.75628000
C                 -0.44146100   -1.64439000    0.14033400
C                  0.73936400   -1.91639800    0.05309000




片段2（Donor）：
%nprocshared=4
%mem=8GB
%chk=1_PE.chk
# b3lyp/6-31g** nosymm pop=full IOp(3/32=2)

PE for CDA

0 2
H                  6.11270500   -5.27277300    0.03039500
H                 10.17344600   -3.94988000   -0.03444200
H                 10.69679100   -1.58366300   -0.12537000
H                  1.61669800    0.41242200   -0.31850800
H                  4.22473000   -4.85172600    0.15017200
H                  3.27983000    2.24075900   -0.41959100
H                  1.84589800   -4.31068200    0.18227500
H                  5.67497100    1.73577300   -0.34905600
H                  8.50204700   -5.78044600    0.03610200
H                  7.56828300    1.32322600   -0.24489000
H                  9.94927600    0.77962900   -0.21636700
C                  4.48529000   -1.45748400   -0.12269400
C                  4.90584800   -2.82199900   -0.03108700
C                  6.34628500   -3.14020500   -0.04308000
C                  7.29719200   -2.07389600   -0.09964600
C                  6.88180000   -0.70800800   -0.16592200
C                  5.43824700   -0.39145500   -0.19684600
C                  6.80951000   -4.44369700   -0.00046000
C                  8.68873200   -2.38128300   -0.09085900
C                  9.10880400   -3.73332500   -0.03903800
C                  8.18409800   -4.74342300    0.00117100
C                  9.63991000   -1.33229700   -0.13459600
C                  9.22495200   -0.02799700   -0.18584500
C                  7.85127100    0.27824000   -0.20252800
C                  4.97680400    0.90944200   -0.29232800
C                  3.09466400   -1.14676600   -0.13429900
C                  3.93920600   -3.81026200    0.06869100
C                  2.13463200   -2.20374300   -0.01082100
C                  2.57278700   -3.51111500    0.08503400
C                  3.60348200    1.20704400   -0.33267800
C                  2.67789000    0.19807700   -0.26088300

分子结构已经在相同的基组下优化过了，样子如图片所示：

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sobereva 发表于 2016-10-22 02:41
“手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条”写的是linux下直接用Multiwfn显示等值面，必须 ...

果然是这样，还得输出用VMD看
谢谢！！！！

sobereva

wswrpd 发表于 2016-10-21 09:11
刚刚你说的必须用fchk的文件来做18分析，我也改正过来了，但作图的问题还是没有解决。
windows版的，我 ...

“手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条”写的是linux下直接用Multiwfn显示等值面，必须三个方向格点数相同。不相同的话你只能导出cube文件再用其它第三方可视化程序显示等值面。

wswrpd

sobereva 发表于 2016-10-21 08:29
看手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条

刚刚你说的必须用fchk的文件来做18分析，我也改正过来了，但作图的问题还是没有解决。
windows版的，我当时使用wfn错误的读入来做18分析的，但激发态的显示看起来是正确的。。。。
_(:зゝ∠)_

wswrpd

sobereva 发表于 2016-10-21 08:29
看手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条

sob 大大我除了第三章，还是好好看完1,2,4章的内容的。。一开始是弹出GUI的时候是什么都没有的，然后我点了left的按钮一下，就这样了
再怎么按都是这样。。。非常稳定的显示失败，以前没安装 libmotif4的时候连multiwfn都打不开的。。。我在想是不是libmotif4，安装的是不是不对，或者版本不对

sobereva

wswrpd 发表于 2016-10-21 07:43
所以目前我需要重新安装新系统咯 _(:з」∠)_  ，另外虽然我的“大分子”可以正常读入和计算了（偶极矩和 ...

看手册第三页Linux and Mac OS X USERS MUST READ的第4条

wswrpd

sobereva 发表于 2016-10-21 07:13
所以说，我特讨厌ubuntu。RHEL/CentOS的stacksize默认就是unlimited。搞计算的就不要用ubuntu。我手册 ...

所以目前我需要重新安装新系统咯 _(:з」∠)_  ，另外虽然我的“大分子”可以正常读入和计算了（偶极矩和正负电荷中心都是和Windows版计算结果相同），但是作图又挂了。。。。果然是ubuntu麻烦的连sob大大也不想管了吗？
图里，后面的背景是windows版的正常的作图，下面是ubuntu安装的libmotif4，然后右面是linux版做出的相同激发态的失败的图。。。。

sobereva

wswrpd 发表于 2016-10-21 07:01
sob大大，你说明书里的方法都不能解决我ubuntu的问题，但我自己通过各种咨询找到了一个简单的解决方法
...

所以说，我特讨厌ubuntu。RHEL/CentOS的stacksize默认就是unlimited。搞计算的就不要用ubuntu。我手册里的linux安装过程也不考虑ubuntu的情况。
KMP_STACKSIZE和这个stacksize完全是两回事，不会不认前者的。

wswrpd

sobereva 发表于 2016-10-19 05:25
本身载入你这种大小的fch文件其实用不了多少内存，windows 32bit版都够
Linux版一定要按2.1.2节的方式进行 ...

sob大大，你说明书里的方法都不能解决我ubuntu的问题，但我自己通过各种咨询找到了一个简单的解决方法
使用 ulimit -s unlimited 的命令，当然也可以把它加入 ~/.bashrc 从而永久有效，然后我的大文件就能读入了，这个命令就是让堆栈大小不受限制，应该等价与你说明书里的KMP_STACKSIZE
但是Ubuntu系统似乎不认KMP_STACKSIZE这个东西。

然后果然基于linux的运行起来飞快，显示分子轨道，格点计算都比windows的快多了！
本人系统 ubuntu 14.04， ulimit -s unlimited 一个命令包治百病 ，希望可以加入下一版的说明书里造福ubuntu的用户们

978142355

wswrpd 发表于 2016-10-20 01:32
Windows的确实勉强可以，但是果然好慢。。。
是师兄，论坛的个人资料还是改过的。祝你科研顺利

师兄头像太卡哇伊~也祝你科研顺利O(∩_∩)O~

wswrpd

978142355 发表于 2016-10-19 23:33
哦，那就难怪了，国外应该没这东西。不知是博士师兄还是师姐，好好修改修改内存，不行就加几个内存条吧。 ...

Windows的确实勉强可以，但是果然好慢。。。
是师兄，论坛的个人资料还是改过的。祝你科研顺利

978142355

wswrpd 发表于 2016-10-19 23:31
现在在国外，刚刚PHD第三年，所以觉得研究生阶段还要学政治太坑爹了
谢谢帮助！我试试修改内存了

哦，那就难怪了，国外应该没这东西。不知是博士师兄还是师姐，好好修改修改内存，不行就加几个内存条吧。PS：用windows直接跑也能跑出来，但是相比如Linux，速度相差远矣。

wswrpd

978142355 发表于 2016-10-19 23:27
嗯，没错就好，因为我确实是没做过这个东西，所以无法去评判自己做的是对还是错。LZ难道硕士一直是在国外 ...

现在在国外，刚刚PHD第三年，所以觉得研究生阶段还要学政治太坑爹了
谢谢帮助！我试试修改内存了

978142355

wswrpd 发表于 2016-10-19 23:23
已经下过了，话说硕士生还要学英语和政治，太惨了

嗯，没错就好，因为我确实是没做过这个东西，所以无法去评判自己做的是对还是错。LZ难道硕士一直是在国外的？在天朝，别说硕士了，博士都得学政治和英语………………………………

wswrpd

978142355 发表于 2016-10-19 19:52
不知道做的对不对啊，反正是按照你说的操作的，这图片看起来咋这个样呢…………………………总算赶在晚八 ...

已经下过了，话说硕士生还要学英语和政治，太惨了