求助openbabel转化分子总是多加氢

York · 发表于 Post on 2024-1-24 22:46:24

各位老师，我用openbabel对chemdraw里的二维图进行gjf的转化，但是有些原子上面本来没有氢，但是转化成gjf文件后总是多加氢，请问各位有什么好办法解决吗?谢谢各位老师

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-11-24 16:29:33

ruixuan 发表于 2025-11-24 16:02
您好您找到解决方案了吗

是否尝试过2楼回复的文档（访问不了的话尝试https://openbabel.org/docs/Command-line_tools/babel.html）里搜关键词看到的选项？如果仍然无法解决当前问题，请上传出问题的结构文件、贴出命令行选项并解释预期输出与实际表现的差别。

其实除非有很复杂的并环或立体结构的情况，没有大批量处理的需求的话，换成能直接三维建模的软件如GaussView或Avogadro等再自行构建也可以绕开二维转三维的过程。

ruixuan · 发表于 Post on 2025-11-24 16:02:11

York 发表于 2024-1-25 11:10
好的，谢谢老师

您好您找到解决方案了吗

York · 发表于 Post on 2024-1-25 11:10:11

sobereva 发表于 2024-1-25 04:58
在https://open-babel.readthedocs.io/en/latest/Command-line_tools/babel.html里搜hydrogen

好的，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-25 04:58:12

在https://open-babel.readthedocs.i ... ne_tools/babel.html里搜hydrogen

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