CP2K搜索过渡态时的耗时问题

科研好难 · 发表于 Post on 2024-2-1 14:13:50

各位老师好，我用CP2K搜索大体系（331个原子，如图）的过渡态时，之前在真空情况下搜索过渡态大概20-30分钟完成一步，现在加入溶剂水后搜索过渡态的时间大大增加，大概3小时一步，请各位老师帮我看一下输入文件（附件）是否合理，有什么需要改进的参数设定。谢谢大家！

科研好难 · 发表于 Post on 2024-2-2 13:45:39

sobereva 发表于 2024-2-2 02:22
关于插点，可以用sobNEB预览一下只提供始末两端结构时线性插点的轨迹，如果中间有明显不合适的，则需要自己 ...

好的sob老师，我去看看插点相关知识，谢谢！

科研好难 · 发表于 Post on 2024-2-2 13:44:36

丁越发表于 2024-2-1 17:24
1. 减少replica的数目

2. 使用下面的idpp脚本进行插点，往往比线性插点的结构更加合理。

谢谢，我去试试

sobereva · 发表于 Post on 2024-2-2 02:22:46

关于插点，可以用sobNEB预览一下只提供始末两端结构时线性插点的轨迹，如果中间有明显不合适的，则需要自己提供一个或多个中间点的合理的结构
sobNEB：产生CP2K的NEB的插点的方便的工具
http://sobereva.com/660（http://bbs.keinsci.com/thread-35456-1-1.html）

如果真空下和SCCS下优化的始末结构差异不大的话，并且真空下NEB已经跑成功过，可以用真空下NEB跑出来的中间点结构当做溶剂下NEB的初猜点

丁越 · 发表于 Post on 2024-2-1 17:24:00

1. 减少replica的数目

2. 使用下面的idpp脚本进行插点，往往比线性插点的结构更加合理。

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[CP2K] CP2K搜索过渡态时的耗时问题

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