大家可视化作图的时候碳原子习惯用哪种颜色显示呢

naoki · 发表于 Post on 2024-2-4 14:49:00

本帖最后由 naoki 于 2024-2-4 16:15 编辑

各种可视化程序中，N、O、H的默认颜色基本都是蓝、红、白。
碳在GaussView、CYLview、Avogadro、PyMOL、Chem3D、M$中默认为灰色，而在VMD中是青色(cyan)。
有没有什么约定俗成的着色规则呢，对于F和Cl两种卤素同时存在的分子，用哪两种颜色表示比较好呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-6-27 20:12:19

naoki 发表于 2024-6-27 13:02
去学习一下王老师大作

哦对我这篇发出来了，https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.4c02088

naoki · 发表于 Post on 2024-6-27 20:02:10

wzkchem5 发表于 2024-2-6 22:37
最近我有一篇合作，就是我用VMD作图，实验方面反映色彩太亮了。但是其实未必要在VMD里调，导出图片以后把 ...

去学习一下王老师大作

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-2-6 21:37:41

AndrewX 发表于 2024-2-4 09:35
个人不是很喜欢VMD里默认的颜色，习惯是F用天蓝色，Cl用绿色，碳用灰色，建议颜色稍微调暗一些，太亮了的话 ...

最近我有一篇合作，就是我用VMD作图，实验方面反映色彩太亮了。但是其实未必要在VMD里调，导出图片以后把图片对比度调低、色调调低，也是一种可以考虑的方案，尤其在图已经用默认配色画完的情况下，操作起来可能比重新画省时一点

naoki · 发表于 Post on 2024-2-6 16:01:19

AndrewX 发表于 2024-2-4 17:35
个人不是很喜欢VMD里默认的颜色，习惯是F用天蓝色，Cl用绿色，碳用灰色，建议颜色稍微调暗一些，太亮了的话 ...

有道理谢谢回复~

naoki · 发表于 Post on 2024-2-6 16:01:08

乐平发表于 2024-2-4 22:47
VMD 可以设置成 Jmol 的配色，就是最常见的看着也比较舒服的配色，论坛里有配置方法
http://bbs.keinsci.c ...

好的我去试试谢谢回复~

乐平 · 发表于 Post on 2024-2-4 21:47:16

VMD 可以设置成 Jmol 的配色，就是最常见的看着也比较舒服的配色，论坛里有配置方法
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ighlight=VMD%2BJmol

AndrewX · 发表于 Post on 2024-2-4 16:35:12

个人不是很喜欢VMD里默认的颜色，习惯是F用天蓝色，Cl用绿色，碳用灰色，建议颜色稍微调暗一些，太亮了的话在有些读者的显示器上的色彩饱和度太过了，显示效果不太好

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[综合交流] 大家可视化作图的时候碳原子习惯用哪种颜色显示呢

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