在oniom模型中，怎样合适的选取分子个数

三石草祭 · 发表于 Post on 2016-10-25 11:20:18

各位老师，我在用oniom模型对所选取的分子进行结构优化时,是正常结束的，但我发现跑出来的chk文件有5.5G大小，我进而想把CHK转化为fchk文件，然后出现图片上面的错误，所以我用两个问题想咨询一下各位老师：
1.在Linux下将chk文件转化为fchk,出现内存不足这种情况该怎么处理呢？
2.我是通过MS将分子进行扩展的，为了让处于HIGH的分子被完全包裹，所以我宽展的层数选择的是3*3*3，但这样就导致了分子数太多了，原子数达到了几千个，这不仅加大了计算量还导致了问题一的结构，我想问一下有什么方式可以使选取的分子不多而且又可以使被选取的分子被完全包裹呢？
谢谢各位老师！

三石草祭 · 发表于 Post on 2016-10-25 19:24:04

sobereva 发表于 2016-10-25 16:16
当转换过大的chk文件的时候，需要设置环境变量比如export GAUSS_MEMDEF=2000000000，即令formchk最多能调用 ...

谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-25 16:16:15

当转换过大的chk文件的时候，需要设置环境变量比如export GAUSS_MEMDEF=2000000000，即令formchk最多能调用2GB内存

平移复制次数少点就完了，或者只保留距离high层一定距离内的原子，并且把边界原子在优化时冻住

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