计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 790|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] cp2k在EPYC 7B12上的编译踩坑记录以及与官方apptainer版速度对比

[复制链接 Copy URL]

4

帖子

1

威望

81

eV
积分
105

Level 2 能力者

服务器平台为双路EPYC 7B12,内存为16*32=128 G,系统为openSUSE leap 15.5。编译过程参考大佬的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-19009-1-1.html。编译期间报错不断,最后发现问题出在指令集上,只要在编译时指定指令集即可。

在./install_cp2k_toolchain.sh 这一步上添加参数--target-cpu=core-avx2,完整参数为:

  1. <font size="3"><span lang="EN-US"> </span>./install_cp2k_toolchain.sh \
  2. --math-mode=mkl \                         #使用mkl 库
  3. --with-intelmpi=system \              #使用Intel MPI 库
  4. --with-scalapack=no \                    #不用装这个
  5. --target-cpu=core-avx2              #指定core-avx2指令集</font>
复制代码

其他的库按需安装,在脚本install_cp2k_toolchain.sh中有详细介绍,自行查看即可。
apptainer版使用命令apptainerpull docker://cp2k/cp2k:2024.1_mpich_generic_psmp获得。
以下是速度测试,使用了一个96原子的晶胞优化任务作为测试标准,使用 mpiexec -n 16 -genv OMP_NUM_THREADS=4 启动任务:



差距还是很明显的,每个OT CG差大约0.1,当然这是个四舍五入后的近似结果,不过也足够说明问题了,更详细的测试有空再说。
最后欢迎大佬们分享自己的踩坑记录,给我等小白排排雷。


4

帖子

1

威望

81

eV
积分
105

Level 2 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-23 09:03:48 | 只看该作者 Only view this author

大意了,大意了,16*32=512(-..-)

4

帖子

1

威望

81

eV
积分
105

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-23 09:02:01 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2024-2-22 11:34
请问截图里左边和右边分别是什么版本的结果?

文字描述里也没说哪本版本谁快谁慢…… 只说了“差距明显 ...

不好意思,疏忽了,左边是apptainer,右边是自己编译的。。。。。。

205

帖子

3

威望

1894

eV
积分
2159

Level 5 (御坂)

3#
发表于 Post on 2024-2-22 22:35:47 | 只看该作者 Only view this author
16*32=128

1060

帖子

0

威望

3260

eV
积分
4320

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2024-2-22 11:34:05 | 只看该作者 Only view this author
请问截图里左边和右边分别是什么版本的结果?

文字描述里也没说哪本版本谁快谁慢…… 只说了“差距明显”……

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 05:34 , Processed in 0.177662 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list