NAMD续跑

wenhuidou

麻烦请教一下我用NAMD跑完动力学之后，我想继续跑，这时NAMD的配置文件怎样书写。
例如第一次的conf文件是这样
#############################################################
## JOB DESCRIPTION                                         ##
#############################################################

#############################################################
## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ##
#############################################################
structure          d:/1/1c1.psf
coordinates        d:/1/1c1.pdb
set temperature    310
set outputname     eq_1
firsttimestep      0
#############################################################
## SIMULATION PARAMETERS                                   ##
#############################################################
# Input
paraTypeCharmm            on
parameters          d:/d/par_all27_prot_lipid.inp
temperature         $temperature
# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          10.0
pairlistdist        14.0
# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       1
fullElectFrequency  2  
stepspercycle       10
# Constant Temperature Control
langevin            on    ;# do langevin dynamics
langevinDamping     1     ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;# don't couple langevin bath to hydrogens
# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1     34   0.0    0.0
cellBasisVector2     0.0  40.0    0.0
cellBasisVector3     0.0   0      59
cellOrigin          -3.8   3.8    -17.6

wrapAll             on
# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSpacing      1.0
#manual grid definition
#PMEGridSizeX        40
#PMEGridSizeY        40
#PMEGridSizeZ        38


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no
langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay   50.0
langevinPistonTemp    $temperature
# Output
outputName          $outputname

restartname         eq_r_1
restartfreq         100    ;#
dcdfreq             250
xstFreq             250
outputEnergies      100
outputPressure      100
#############################################################
## EXTRA PARAMETERS                                        ##
#############################################################
#############################################################
## EXECUTION SCRIPT                                        ##
#############################################################
# Minimization
minimize  100
reinitvels $temperature
run 300
续跑的conf文件怎样写

Marsxy

wenhuidou 发表于 2016-10-26 21:40
谢谢您 我已经搞定了

请问怎么解决的呀？

wenhuidou

谢谢您 我已经搞定了

fhh2626

使用
bincoordinates
binvelocities
ExtendedSystem

这三个参数代替温度和周期性边界条件，具体的你看一眼user guide就明白了

wenhuidou

谢谢