经典分子动力学模拟力场发展

jase20 · 发表于 Post on 2024-2-29 06:32:48

本帖最后由 jase20 于 2024-2-29 06:34 编辑

没做计算有四五年了，这会有课题又需要用到模拟，然后下载最新版本的gromacs 2024，感觉这些力场这么长时间没有什么新变化还是之前那些 amber charmm27 （charmm36还需要自己手动引用一下）. 看近几年的一些文章用的也是还是十年前的那些方法力场，所以说经典分子动力学是没怎么发展了嘛？（也不是说没有发展，有一些零星的修补参数，但是没有像deepmind这样革命式的发展，在算力飞速发展的今天感觉多少有些落后了？）有前辈可以分享一些观点嘛？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-3 11:19:53

你列举的都是生物分子力场，对于蛋白质的模拟，AMBER19SB、CHARMM36m都已经达到很好的准确度了。精度够用了，而且也没什么明显改进的油水了。但并不是没发展，诸如现在用十几年前版本的AMBER力场很容易挨批。模拟核酸的补丁也在不断提出，比如去年又提出了对碱基和磷酸基之间的LJ参数做了修正的NBfix0BPh。多关注诸如JCTC、JCC、PCCP、JPCB、JCIM等刊物，会看到不断有各种新力场提出。

HNUST · 发表于 Post on 2024-3-1 23:05:36

看看薛定谔的？

jase20 · 发表于 Post on 2024-3-1 11:19:43

Lacrimosa 发表于 2024-2-29 13:30
现在机器学习势的文章也不少了，主要还是权衡速度和精度吧，如果对精度没有很高需求那这些传统力场就够用了 ...

谢谢！只是感觉这么些年过去了，经典分子模拟还是没有什么大的改变hh

Lacrimosa · 发表于 Post on 2024-2-29 13:30:09

现在机器学习势的文章也不少了，主要还是权衡速度和精度吧，如果对精度没有很高需求那这些传统力场就够用了，速度还更快

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[综合交流] 经典分子动力学模拟力场发展

评分 Rate

浏览过的版块