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[GROMACS] MMPBSA中各能量项可以体现哪些作用力

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楼主
氢键作用的本质是静电相互作用,因此静电能可以体现氢键作用,非极性溶剂化能是体现疏水作用(不知道我理解有没有错)。还有范德华能使范德华力作用的体现吗?还是还包含了其他作用力?

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发表于 Post on 2024-3-2 06:29:49 | 只看该作者 Only view this author
qjim 发表于 2024-3-1 11:21
那我可以这么说吗?静电作用(ele)越大氢键作用越大,非溶剂化能(SA)越大疏水作用越大.

没前提下显然不成立。两个部分之间静电作用几乎只对应氢键时才能这么说。
SA对应的那叫溶解自由能的非极性部分,是否适合说成疏水作用结合具体体系判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-1 11:21:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-1 01:43
“氢键作用的本质是静电相互作用” 这仅对一般强度的氢键成立,看下文氢键本质的讨论
透彻认识氢键本质、 ...

那我可以这么说吗?静电作用(ele)越大氢键作用越大,非溶剂化能(SA)越大疏水作用越大.

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发表于 Post on 2024-3-1 01:43:18 | 只看该作者 Only view this author
“氢键作用的本质是静电相互作用” 这仅对一般强度的氢键成立,看下文氢键本质的讨论
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html

分清楚能量和力的关系,看下文 “慎用“力”字” 部分
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

MMPBSA中的MM作用能部分里面体现了范德华相互作用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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