取前中间体做柔性扫描寻找过渡态，却得到后中间体，始终无法优化到过渡态

for_you

请问老师，通过取前中间体做柔性扫描寻找过渡态，却得到后中间体，始终无法优化到过渡态，这是什么原因导致？

gauss98

反方向扫描（取步长2.04的结构），有时可以得到更好的初猜

for_you

吴双 发表于 2024-3-20 08:48
不优化 直接计算频率，看下结果。

频率是期望过渡态频率，但是最高点后的波函数不稳定，应该怎么处理

dnlx

把所有的侧链用氢代替，会大大缩短搜索时间。

另外这种反应的成键断键不是直来直去的，过渡态的键长和键角不好猜测，用QST2可能比柔性扫描更容易成功（我用ORCA很多次都是采用NEB-TS才找到）。

吴双

for_you 发表于 2024-3-19 16:16
试过了，取最高点做过渡态优化直接就成环了，结构是后中间体

不优化 直接计算频率，看下结果。

我本是个娃娃

我本是个娃娃 发表于 2024-3-19 20:57
几点建议：
1 在能量高点附近，用更小的步长仔细再扫描
2 取能量高点的坐标，冻结待扫描的原子，做限制性 ...

补：
4 试试opt(recalcfc=3~5,noeigen, ts)

我本是个娃娃

几点建议：
1 在能量高点附近，用更小的步长仔细再扫描
2 取能量高点的坐标，冻结待扫描的原子，做限制性优化
3 检查能量高点的波函数，不要有异常

wzkchem5

for_you 发表于 2024-3-19 09:16
试过了，取最高点做过渡态优化直接就成环了，结构是后中间体

检查一下这个体系是不是有两个不同的稳定波函数，在扫描途中（尤其是在势能曲线突变点附近）由一个波函数突然跳到了另一个波函数。如果是这种情况的话，扫描曲线最高点不一定能作为过渡态的近似。只有扫描曲线平滑，波函数连续变化时，其最高点才能保证和过渡态比较接近

for_you

吴双 发表于 2024-3-19 15:06
可以算一下柔性扫描最高点的频率，看震动方向是你预期的结果么。对于柔性扫描出现断点，你可以看看sob老师 ...

试过了，取最高点做过渡态优化直接就成环了，结构是后中间体

吴双

可以算一下柔性扫描最高点的频率，看震动方向是你预期的结果么。对于柔性扫描出现断点，你可以看看sob老师的文章http://sobereva.com/474。