添加resp电荷后能量极小化时结构爆炸

chenchen1 · 发表于 Post on 2024-3-21 17:10:45

本帖最后由 chenchen1 于 2024-3-23 12:34 编辑

各位老师好，通过MS构建了一个含3个羧基去质子化的有机分子结构，如图：，通过sob老师提供的脚本计算RESP电荷，电荷为-3 ，自旋多重度为1，用sobtop生成itp文件，进行能量极小化模拟，vmd显示模拟体系散开，若用sobtop不指认电荷，能量极小化能成功进行，请问该怎么处理呢，是RESP电荷的计算方法不对吗。[url=]TNB.mol2[/url]

chenchen1 · 发表于 Post on 2024-3-28 22:01:48

谢谢，已经解决了，是由于sobtop生成top时我设置了不产生二面角参数

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-3-27 12:04:03

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-3-27 12:12 编辑

chenchen1 发表于 2024-3-23 12:34
您好，tip和gro文件都已经上传了

我试了一下真空中单个分子模拟没有观察到“体系散开”相关的问题

可能是分子带电导致的单个分子优化时Fmax过大。如果是为了在真空中为后续模拟预先优化结构，倒也不会有太大影响

chenchen1 · 发表于 Post on 2024-3-23 12:34:41

Seyilaxa 发表于 2024-3-22 14:19
不用叫老师，我也是新手 0.0
从你的描述看大概率是电荷相关的问题，但是提供的信息太少了判断不出具体原 ...

您好，tip和gro文件都已经上传了

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-3-22 14:19:52

chenchen1 发表于 2024-3-22 09:58
老师您好，电荷中和后，还是不能跑出，是我的原始结构的问题吗

（发送重了，麻烦管理员删除此条，万分抱歉！）

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-3-22 14:19:52

chenchen1 发表于 2024-3-22 09:58
老师您好，电荷中和后，还是不能跑出，是我的原始结构的问题吗

不用叫老师，我也是新手 0.0
从你的描述看大概率是电荷相关的问题，但是提供的信息太少了判断不出具体原因。top文件和gro文件里的信息才是关键的
而且我不太明白你说的散开指什么，是指分子结构散了（检查键连关系）还是分子团散开（起始结构中原子距离是否过密）

chenchen1 · 发表于 Post on 2024-3-22 09:58:42

Seyilaxa 发表于 2024-3-21 17:33
如果用了PBC和pme，体系的电荷中和了吗

老师您好，电荷中和后，还是不能跑出，是我的原始结构的问题吗

chenchen1 · 发表于 Post on 2024-3-22 09:48:13

Seyilaxa 发表于 2024-3-21 17:33
如果用了PBC和pme，体系的电荷中和了吗

老师您好，在gromacs中好像没有识别到3个负电荷

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-3-21 17:33:34

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-3-22 07:48 编辑

如果用了PBC和pme，体系的电荷中和了吗

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[GROMACS] 添加resp电荷后能量极小化时结构爆炸

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