求助，如何进行超声的分子动力学模拟

azero

想探究超声对蛋白的影响，但是不知道怎么模拟超声条件
据说GMX要改代码，没有找到教程，自己不太懂编程，要自己摸索改代码不现实
也没找到其他软件模拟超声的方法

请教如何进行超声的模拟，哪位大神能提供详细的教程

那年冬天风在吹

azero 发表于 2024-3-26 16:37
我们领域，模拟很水的，没有那么严谨，只是想水一下文章。
要么就像这个文章，我写个小脚本，正负方波 ...

请问您现在搞懂了

azero

lyj714 发表于 2024-3-26 14:06
难点不在这。我估计你看到的那些通过传统md模拟超声的文章，都是清一色要么双向脉冲(正负变化压力)或者是正 ...

我们领域，模拟很水的，没有那么严谨，只是想水一下文章。
要么就像这个文章，我写个小脚本，正负方波，2 ns 换一下压强好了。这种简单的脚本还是会写的。有一些疑问，
①超声的功率如何换算成相应的压强

②压强有负值的么，如图片所示，其实跟第一个问题有点像，我现在都不是很懂超声和压强的关系。

lyj714

难点不在这。我估计你看到的那些通过传统md模拟超声的文章，都是清一色要么双向脉冲(正负变化压力)或者是正弦变化的压力来实现超声效果(这个实现起来并不算太难，要么写脚本分段模拟实现脉冲，要么改代码实现正弦压力波)。但是实际上这种控制体系压力变化的做法并没有得到非常广泛的认可，传统md要想真实反应超声效果基本上很难。
当然了，如果是想水文章毕业，那也不是不可以

dzdhp

除了改代码，没别的法子了，没戏。
这个东西小众的不行，怎么可能会有教程。