吸附能应该以单胞的结果还是超胞上的为准？

lwj · 发表于 Post on 2016-11-8 09:21:12

我用MS中的DMol3做Co3O4（001）表面吸附CO2，先在一个晶胞表面吸附CO2，由于放置位置和显示模型的问题，认为没吸附上，又做了2*2的超胞模拟吸附，后来看了版主的文章（显示存在明显的距离），比较了分子自于表面的距离，知道已经吸附在表面了，计算了表面能，发现一个晶胞上吸附能为+0.748eV，而超胞上吸附能为-4eV。这是由于吸附浓度对吸附能的影响，一个晶胞上吸附一个分子过饱和了，所以吸附能为正，那么计算吸附能时，应该以多大的晶胞吸附一个分子计算结果为准呢？请老师指点一下，我应该以多大晶胞计算吸附能为准，还是继续增大晶胞到吸附能收敛，得到干净表面的吸附能。

lwj · 发表于 Post on 2017-4-6 17:10:48

缠绕指发表于 2017-4-2 16:01
不同的晶胞大小代表不同的覆盖率下的吸附能，这两者算的吸附能都有意义。

一般不注明吸附率时的吸附能说 ...

谢谢您的回答，我为了后面的计算，计算体系稍大一些，现在结果都正常了。

缠绕指 · 发表于 Post on 2017-4-2 16:01:28

不同的晶胞大小代表不同的覆盖率下的吸附能，这两者算的吸附能都有意义。

一般不注明吸附率时的吸附能说的都是覆盖率足够低（晶胞足够大）时的吸附能，也就是晶胞大到吸附能收敛时的吸附能。

不过你算的这个+0.748和-4，这个差距太大了，应该是你自己计算错误，而不是我上面说的覆盖率的影响。

lwj · 发表于 Post on 2017-3-23 13:57:56

rainwatcher 发表于 2017-3-20 14:45
记得有文献提过，如果分子之间的作用较强，或是有明显的氢键作用，那么吸附密度应该较小，这样能够减小分子 ...

好的，谢谢。

rainwatcher · 发表于 Post on 2017-3-20 14:45:14

记得有文献提过，如果分子之间的作用较强，或是有明显的氢键作用，那么吸附密度应该较小，这样能够减小分子之间的作用对吸附能的影响。如果分子较小，特别是气体分子，使用单胞计算也是可以的。

lwj · 发表于 Post on 2016-11-20 13:17:48

卡开发发发表于 2016-11-20 12:50
你再好好理解我上面说的意思，包括k点和截断能之类的测试，都是建立在外推至无穷大的概念上。真空层也不 ...

哦，是不是意思是力收敛是结构稳定的要求，而较厚的真空层才是模拟表面的理论根本。

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-11-20 12:50:00

lwj 发表于 2016-11-20 09:56
这个我算了两个，最大受力与方框里的很接近，其他的还没试，但是优化结果判断时，每个原子受力小于收敛条 ...

你再好好理解我上面说的意思，包括k点和截断能之类的测试，都是建立在外推至无穷大的概念上。真空层也不例外，这是因为如果slab的上下表面没有电势差，我们认为随着两个层距离->∞的情况相互作用->0，才有这样的测试。

lwj · 发表于 Post on 2016-11-20 09:56:04

本帖最后由 lwj 于 2016-11-20 10:06 编辑

卡开发发发表于 2016-11-19 18:50
不是这个意思，必然是z->∞的时候，force->定值，这样才叫做测试收敛。这个导数指的是每个原子能量对核坐 ...

这个我算了两个，最大受力与方框里的很接近，其他的还没试，但是优化结果判断时，每个原子受力小于收敛条件的就25A时。

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-11-19 18:50:20

lwj 发表于 2016-11-19 17:04
检查了一下结果，只有25A时力也收敛，其他的20，28，30，35，力都没收敛。看来25A是比较好的。

不是这个意思，必然是z->∞的时候，force->定值，这样才叫做测试收敛。这个导数指的是每个原子能量对核坐标的导数，也就是力的分量。

lwj · 发表于 Post on 2016-11-19 17:04:39

卡开发发发表于 2016-11-19 12:32
但是现在确实做出来吸附构型不同？我想还是检查一下force会比较保险。

检查了一下结果，只有25A时力也收敛，其他的20，28，30，35，力都没收敛。看来25A是比较好的。

lwj · 发表于 Post on 2016-11-19 16:05:00

卡开发发发表于 2016-11-18 12:13
哦，记错了，不能够直接得到force。但是可以从这里换算出force

后三列xyz是导数，可以写个简单脚本或 ...

老师，请问这个 DERIVATIVES (au)下面的x、y、z对应的是能量的导数还是力的导数（df）？

lwj · 发表于 Post on 2016-11-19 15:48:11

卡开发发发表于 2016-11-19 12:32
但是现在确实做出来吸附构型不同？我想还是检查一下force会比较保险。

好的，我试一下。

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-11-19 12:32:01

lwj 发表于 2016-11-19 11:25
谢谢您的建议，其实在15A之后能量变化在0.001eV以内（15A和35A的差）。基本认为是收敛了，只不过我有强迫 ...

但是现在确实做出来吸附构型不同？我想还是检查一下force会比较保险。

lwj · 发表于 Post on 2016-11-19 11:25:49

卡开发发发表于 2016-11-19 11:14
实在不行你就直接把真空层取得足够大，也只能认为足够大的真空得到的结果可靠罢了。

谢谢您的建议，其实在15A之后能量变化在0.001eV以内（15A和35A的差）。基本认为是收敛了，只不过我有强迫症，总想弄清楚。

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-11-19 11:14:54

lwj 发表于 2016-11-19 09:25
不得不像您之前说的想吐槽一下DMol3，中间加CO2后，大于15A之后体系能量变化更慢，也就是说作用力更小， ...

实在不行你就直接把真空层取得足够大，也只能认为足够大的真空得到的结果可靠罢了。

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[CASTEP/Dmol3/MS] 吸附能应该以单胞的结果还是超胞上的为准？

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