求助Autodock Vina对接过程中配体的加全氢问题

liuaohua · 发表于 Post on 2024-4-3 23:07:59

请问各位老师，我在用Autodock Vina对配体进行加全氢的时候，N原子被质子化了（如下图所示），我想了解下如何才能不使其质子化，因为我的蛋白受体分别与中性态和质子化的配体小分子进行对接，如果一加氢就质子化，该如何对接中性态的配体？不加全氢or删掉此氢原子？是在加全氢之后删掉吗?

liuaohua · 发表于 Post on 2024-4-5 15:00:22

好哒老师，感谢解答！！！

KAIMISITERUI · 发表于 Post on 2024-4-5 11:56:29

liuaohua 发表于 2024-4-4 15:50
这个小分子N的附近有双键，所以我一直以为Autodock的加氢是质子化形式

哦哦，是我没有看清楚，这应该是程序识别的问题，而不是说Autodock加氢会直接加成质子化状态。这种情况你可以直接用GaussView或者薛定谔等软件直接把氢原子删了就行。

liuaohua · 发表于 Post on 2024-4-4 15:50:50

KAIMISITERUI 发表于 2024-4-4 14:31
图1中的N才形成了2根键，显然是带负电荷，程序自然会加氢到中性状态。所以加完全氢后的第二张图才叫中性态 ...

这个小分子N的附近有双键，所以我一直以为Autodock的加氢是质子化形式

liuaohua · 发表于 Post on 2024-4-4 15:46:18

这是在Discovery studio中的结构

liuaohua · 发表于 Post on 2024-4-4 15:44:43

KAIMISITERUI 发表于 2024-4-4 14:31
图1中的N才形成了2根键，显然是带负电荷，程序自然会加氢到中性状态。所以加完全氢后的第二张图才叫中性态 ...

老师，您可以看看下图此分子在Discovery studio client中的显示，这个N原子附近连接了1个双键，所以我一直以为在Autodock中也是有双键存在的，但是不知道为何不显示,求解答！

KAIMISITERUI · 发表于 Post on 2024-4-4 14:31:23

图1中的N才形成了2根键，显然是带负电荷，程序自然会加氢到中性状态。所以加完全氢后的第二张图才叫中性态，不叫质子化态。

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