Orca_5.0.3报错no orbitals were found in the gbw file解决过程记录，期望老师们指正

The_only_oneZLY · 发表于 Post on 2024-4-4 16:02:37

本帖最后由 The_only_oneZLY 于 2024-4-4 20:17 编辑

在参考sobereva老师的帖子“将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 14905&fromuid=27359”时，利用Gaussian09得到的收敛的轨道波函数并利用Multiwfn和orca_2mkl生成了包含轨道信息的gbw文件，并将其拷贝到了orca的计算目录下，但是进行orca计算的时候报了如下图所示的错误：

在查看了帖子“ORCA计算过渡金属阳离子不收敛求助http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 20748&fromuid=27359”中的hdhxx123总结的ORCA-SCF.txt文件后，发现其中说了在%moinp "收敛的文件名.gbw"中，%moinp后的文件名应当与你想要让计算任务读取的gbw文件名一致！（注意不要与当前任务文件名重合，会让当前任务无法进行而报错！）。而我写的输入文件恰好犯了这个错误，猜测报错原因是因为orca在一开始计算时就会产生新的gbw文件，它把原有的同名的gbw文件覆盖了，而这个文件里是没有轨道信息的，因而出现gbw文件里找到轨道的情况。

接着我将要读取的gbw文件名前缀（即DyCH）改为和当前计算任务输入文件不同的名字，再修改输入文件里需要读取的gbw文件名：

再次提交任务，从输出文件中可以看到gbw文件读取成功：

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-8-15 19:01:03

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-15 10:58
感谢两位老师。那我在Gaussian中是直接用Basis Set Exchange上的SARC-DKH2还是用您上面提到的修改后的Am. ...

前一个问题：都可以。
后一个问题：取决于你要做什么计算。产生的Am.gjf文件中写好了UHF的关键词，当然你还可以修改核数和内存等。这里举两个例子
（1）UHF计算，gjf文件前几行示例

%chk=Am.chk
%nprocshared=64
%mem=180GB
#p UHF/gen int(nobasistransform,DKH2) nosymm guess=cards stable=opt
...(剩余内容不动)

复制代码

相当于用ORCA的UHF初猜，使用Gaussian做UHF计算，开启了DKH2哈密顿，并检验波函数稳定性。这个单原子的计算结果是E(UHF) = -30336.1908255 a.u.

（2）UB3LYP计算，gjf文件前几行示例

%chk=Am_GAU.chk
%nprocshared=64
%mem=180GB
#p UB3LYP/gen int(nobasistransform,DKH2) nosymm stable=opt
generated by utility mkl2gjf in MOKIT
0 8
Am 0.00000000 0.00000000 0.00000000
1 0
S 9 1.00
... (基组数据)
(空行)
(空行)

复制代码

删掉底下轨道数据，这里我们做的是UB3LYP计算，用不到UHF初猜。

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-8-15 18:54:17

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-15 11:55
老师，我在运行orca_2mkl Am -mkl这条命令的时候提示
Reading the input file Am.gbw ...

这是因为你混用了不同版本的ORCA所致，这与混用不同版本Gaussian类似，都是十分不好的习惯，解决办法在18L已经有人说了。要确保orca_2mkl和orca是同一个版本的，比如都是5.0.3。此贴2L和4L我也给出了详细解答http://bbs.keinsci.com/thread-47632-1-1.html

snljty2 · 发表于 Post on 2024-8-15 16:59:50

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-15 16:55
我是直接就在当前计算的文件夹下运行的orca_2mkl这个命令

跟在哪个目录没关系，提交的脚本里面加入

dirname $(\which orca)

复制代码

命令，然后跑orca_2mkl之前看

dirname $(\which orca_2mkl)

复制代码

，看两者是否一致。

zhaoxiaoni · 发表于 Post on 2024-8-15 16:55:11

snljty2 发表于 2024-8-15 14:46
先确保你计算用的orca和转波函数用的orca_2mkl是来自同一个版本的看看。

我是直接就在当前计算的文件夹下运行的orca_2mkl这个命令

snljty2 · 发表于 Post on 2024-8-15 14:46:53

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-15 11:55
老师，我在运行orca_2mkl Am -mkl这条命令的时候提示
Reading the input file Am.gbw ...

先确保你计算用的orca和转波函数用的orca_2mkl是来自同一个版本的看看。

zhaoxiaoni · 发表于 Post on 2024-8-15 11:55:44

zjxitcc 发表于 2024-8-14 21:57
对于Am元素，Basis Set Exchange上的SARC-DKH2 就是ORCA程序内置的SARC-DKH-TZVP，可以这么验证：
写一 ...

老师，我在运行orca_2mkl Am -mkl这条命令的时候提示
Reading the input file Am.gbw    ...

WARNING!!!!!!!
Your GBWFile is either corrupt or from a different ORCA version!
Please be VERY careful with your calculation results!!!

Data_size, sizeof( TOrcaInfo ): 651728, 491312
[file orca_tools/qcmem.cpp, line 870]:  OUT OF MEMORY ERROR!

[file orca_tools/qcmem.cpp, line 870]:  OUT OF MEMORY ERROR!
我用的ORCA版本是ORCA-5.0.3, 看log文件是正常结束任务了的。

zhaoxiaoni · 发表于 Post on 2024-8-15 10:58:32

zjxitcc 发表于 2024-8-14 21:57
对于Am元素，Basis Set Exchange上的SARC-DKH2 就是ORCA程序内置的SARC-DKH-TZVP，可以这么验证：
写一 ...

感谢两位老师。那我在Gaussian中是直接用Basis Set Exchange上的SARC-DKH2还是用您上面提到的修改后的Am.gjf，如果是用Am.gjf，那应该怎么修改就可以用于Gaussian计算。

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-8-14 21:57:24

本帖最后由 zjxitcc 于 2024-8-15 11:15 编辑

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-14 17:27
老师，您好，我在ORCA中Am元素用的是SARC-DKH-TZVP，我在Gaussian中计算的时候在基组库只找到一个SARC-DK ...

对于Am元素，Basis Set Exchange上的SARC-DKH2 就是ORCA程序内置的SARC-DKH-TZVP，可以这么验证：
写一个ORCA输入文件Am.inp

%pal nprocs 1 end
%maxcore 2000
%scf
DryRun True
end
! UHF SARC-DKH-TZVP
*xyz 0 8
Am 0.0 0.0 0.0
*

复制代码

DryRun表示不进行SCF计算，任务几秒结束，这样也会产生Am.gbw文件，那些Amxxx.tmp没用的文件都删掉。依次运行

orca_2mkl Am -mkl
mkl2gjf Am.mkl

复制代码

这会产生Am.gjf文件，内含SARC-DKH-TZVP基组数据，可与Basis Set Exchange上的SARC-DKH2详细对比，发现一致。其他元素可用类似手段验证。orca_2mkl是ORCA内置小程序，mkl2gjf是MOKIT的小程序。此处Am.gjf文件不仅可以用于验证基组数据，也可稍加修改后用于Gaussian的具体计算。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-8-14 18:00:57

zhaoxiaoni 发表于 2024-8-14 10:27
老师，您好，我在ORCA中Am元素用的是SARC-DKH-TZVP，我在Gaussian中计算的时候在基组库只找到一个SARC-DK ...

如果BSE上面找不到的话，可以在orca里面用%output print[p_basis] 2 end输出基组的定义

zhaoxiaoni · 发表于 Post on 2024-8-14 17:27:03

zjxitcc 发表于 2024-4-4 21:21
我还有个困惑，我看你在ORCA里用的似乎是DKH2相对论哈密顿+相对论全电子基组，那你在Gaussian里用什么呢 ...

老师，您好，我在ORCA中Am元素用的是SARC-DKH-TZVP，我在Gaussian中计算的时候在基组库只找到一个SARC-DKH这个，我不太懂这儿应该怎么用

The_only_oneZLY · 发表于 Post on 2024-4-14 08:59:39

zjxitcc 发表于 2024-4-13 10:37
恭喜成功完成了计算。有一点需要说明一下，fch2mkl生成的inp文件里不需要写KDIIS，因为初始轨道已经十分 ...

噢噢，明白了老师，非常感谢您!

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-4-13 10:37:58

The_only_oneZLY 发表于 2024-4-13 08:17
非常感谢老师的分享和指导，根据您说的方法，我先在Gaussian中用如下关键字得到了稳定的轨道，

接着用 ...

恭喜成功完成了计算。有一点需要说明一下，fch2mkl生成的inp文件里不需要写KDIIS，因为初始轨道已经十分好了。加KDIIS 大概率不如没加时候收敛快。不过既然你已经收敛了，倒也没必要去折腾更快的收敛方式。

The_only_oneZLY · 发表于 Post on 2024-4-13 08:17:41

zjxitcc 发表于 2024-4-10 02:42
可使用MOKIT的fch2mkl小程序从Gaussian传轨道给ORCA，fch2mkl最高支持I角动量（即比H角动量高）。我不知道 ...

非常感谢老师的分享和指导，根据您说的方法，我先在Gaussian中用如下关键字得到了稳定的轨道，

接着用MOKIT转换得到了相应的inp和gbw文件，并采用和Gaussian计算中相同的泛函和DKH2方法。

在ORCA中计算很快就收敛了。

另外，我之前在3楼中说的当存在与ORCA计算任务同名的gbw文件时ORCA仍然读取ges文件的问题也找到原因了。原因是当存在与ORCA计算任务同名的gbw文件时，ORCA会自动将gbw文件重命名为ges文件，

因此在后面ORCA读取的就是重命名为ges的gbw文件。

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-4-10 02:42:05

本帖最后由 zjxitcc 于 2024-4-10 03:19 编辑

可使用MOKIT的fch2mkl小程序从Gaussian传轨道给ORCA，fch2mkl最高支持I角动量（即比H角动量高）。我不知道你体系的坐标，这里以单个Dy原子举例，Dy.gjf文件内容为

%mem=180GB
%nprocshared=64
%chk=Dy.chk
#p RHF gen nosymm int(nobasistransform,DKH2)
title
0 1
Dy 0.0 0.0 0.0
（Sapporo-DKH3-QZP-2012基组数据等，太长了，这里不写出来了）

复制代码

高斯算完后获得Dy.chk文件，依次执行

formchk Dy.chk Dy.fch
fch2mkl Dy.fch
orca_2mkl Dy_o -gbw

复制代码

产生Dy_o.inp, Dy_o.mkl, Dy_o.gbw三个文件，其中坐标，方法，基组数据，DKH2哈密顿等关键词全都写好了。提交给ORCA做计算，SCF立即收敛。有几点注意事项：
（1）inp文件里的内存和核数，可以根据自己的需求修改。
（2）gjf文件中应带上nosymm int=nobasistransform关键词进行计算，使传轨道后收敛更快。
（3）gjf文件中若用的是RHF/ROHF/UHF方法，fch2mkl会自动识别并将其写入inp文件，因此无需修改方法。若用的是某一种泛函，fch2mkl无法自动识别，需要自己添加泛函名称和相应的关键词，例子可以看以往的帖子
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 285755&fromuid=2632

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