水盒子中的乙酸根

laifeng20151107 · 发表于 Post on 2016-11-11 10:25:31

我使用CPMD4.1模拟了一个醋酸根离子在55个水分子中的体系，包含了一个Na+。醋酸根离子一开始是放置在盒子中心，1皮秒后醋酸根离子逐渐的向盒子边界移动，接着整个模拟过程20多Ps处于边界。还有盒子中的水分子也发生了溢出盒子的现象，盒子整体也发生了移动，请问这个什么原因呢？是不是我盒子设置太小？

laifeng20151107 · 发表于 Post on 2016-11-17 20:16:03

非常感谢！
请问我的中心分子离盒子边界距离至少是多少，因为我准备模拟一个（CH3COO）2Cu 链状的我不知道我这个盒子大小够不够

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-11-13 00:38:15

laifeng20151107 发表于 2016-11-11 15:09
设置了。PBC are imposed within cpmd for all calculations.manual中这样说的。

如果设置了的话，那这就是正常的，这些分子的周期镜像依然可以组成一个盒子。可以用vmd里面的pbc wrap命令将这些分子的位置重排

laifeng20151107 · 发表于 Post on 2016-11-11 15:09:46

fhh2626 发表于 2016-11-11 13:29
你设置周期性边界条件了吗？

设置了。PBC are imposed within cpmd for all calculations.manual中这样说的。

fhh2626 · 发表于 Post on 2016-11-11 13:29:22

你设置周期性边界条件了吗？

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