计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 695|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CASTEP/Dmol3/MS] castep提交到服务器计算电荷密度密度差分,最后计算结果只有atomic density

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

30

eV
积分
33

Level 2 能力者

设置参数如图

也已经edit sets,名字改为DensityDifference

但是最后输出结果只能显示atomic density,不能显示按片段区分的电荷密度差分(取消“use atomic density”选项后,import 变灰)

我猜测可能是服务器只计算了整体的电荷密度,并未计算两个片段的电荷密度,我该怎么提交该任务来计算电荷密度差分



8

帖子

0

威望

75

eV
积分
83

Level 2 能力者

9#
发表于 Post on 2024-4-6 19:52:41 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2024-4-6 18:15
自洽场没收敛,确保计算精度等参数合适的情况下,适当调整迭代参数(如density mixing-charge/spin)。

好的,十分感谢您百忙之中的回答!

3621

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18433

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

8#
发表于 Post on 2024-4-6 18:15:37 | 只看该作者 Only view this author
小张要努力 发表于 2024-4-6 17:39
只有一个结果文件,文件最后有报错,是否结构优化的问题?但这个已经是对优化后的结构进行计算的,您认为 ...

自洽场没收敛,确保计算精度等参数合适的情况下,适当调整迭代参数(如density mixing-charge/spin)。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

8

帖子

0

威望

75

eV
积分
83

Level 2 能力者

7#
发表于 Post on 2024-4-6 17:39:56 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2024-4-6 12:30
你看你计算完的结果里面是否有三个部分的[文件名].castep_bin,我估计服务器上的东西你没有拷贝完全,或 ...

只有一个结果文件,文件最后有报错,是否结构优化的问题?但这个已经是对优化后的结构进行计算的,您认为可能的问题是什么?

202404061735272517..png (31.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

结果中只有一个castep文件

结果中只有一个castep文件

屏幕截图 2024-04-06 173654.png (28.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

该结果文件的最后报错是这样。

该结果文件的最后报错是这样。

3621

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18433

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

6#
发表于 Post on 2024-4-6 12:30:55 | 只看该作者 Only view this author
小张要努力 发表于 2024-4-6 11:00
将分子定义为DensityDifference,然后在提交任务的脚本中,增加了set1和set2部分,但最后结果分析时,impo ...

你看你计算完的结果里面是否有三个部分的[文件名].castep_bin,我估计服务器上的东西你没有拷贝完全,或者别的原因。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

8

帖子

0

威望

75

eV
积分
83

Level 2 能力者

5#
发表于 Post on 2024-4-6 11:00:52 | 只看该作者 Only view this author
卡开发发 发表于 2024-4-6 02:09
castep的性质计算在服务器提交的话需要单独交,自洽计算勾选的参数是不起作用的。

将分子定义为DensityDifference,然后在提交任务的脚本中,增加了set1和set2部分,但最后结果分析时,import是灰色的。请问大神,您说的单独提交计算性质是该怎么操作?

202404061057194564..png (31.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 25)

服务器的运行脚本

服务器的运行脚本

屏幕截图 2024-04-06 105328.png (24.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

屏幕截图 2024-04-06 105328.png

3621

帖子

3

威望

1万

eV
积分
18433

Level 6 (一方通行)

第一原理惨品小作坊

4#
发表于 Post on 2024-4-6 02:09:52 | 只看该作者 Only view this author
lordress 发表于 2024-4-5 18:06
附提交任务时文件和提交命令

castep的性质计算在服务器提交的话需要单独交,自洽计算勾选的参数是不起作用的。
日常打哑谜&&探寻更多可能。
原理问题不公开讨论,非商业性质讨论欢迎私聊。
本周忙

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112374

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2024-4-5 18:20:25 | 只看该作者 Only view this author
lordress 发表于 2024-4-5 18:06
附提交任务时文件和提交命令

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

3

帖子

0

威望

30

eV
积分
33

Level 2 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-5 18:06:45 | 只看该作者 Only view this author
附提交任务时文件和提交命令

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 22:41 , Processed in 0.205084 second(s), 30 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list