同时发生反应，用ORCA计算过渡态是否合理？

dengyh · 发表于 Post on 2024-4-6 21:43:34

请教各位一个理论计算方面的问题，我有个光加成反应实验现象，有多个位点可发生反应，晶体结构只捕获到同时反应的晶体结构，是否在计算过渡态时也初猜成同时反应的过渡态结构？这样理论计算的审稿人会认可吗，谢谢，软件为ORCA5.0.3,计算方法BLYP-D3/def2-SVP

dengyh · 发表于 Post on 2024-4-9 15:00:44

zjxitcc 发表于 2024-4-8 10:17
我没说不可以，该说的都在4L说了。

好的，谢谢

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-4-8 10:17:08

dengyh 发表于 2024-4-7 22:15
好的，谢谢老师的指导，我结构优化用的是BLYP-D3/def2-SVP,单点用M062X-D30/def2-TZVP,这样可以吗

我没说不可以，该说的都在4L说了。

dengyh · 发表于 Post on 2024-4-7 22:15:18

zjxitcc 发表于 2024-4-7 14:52
可以是可以，但建议做完结构优化、找完过渡态后，用r2SCAN、TPSS、MN15L三种泛函中至少一种算一下单点， ...

好的，谢谢老师的指导，我结构优化用的是BLYP-D3/def2-SVP,单点用M062X-D30/def2-TZVP,这样可以吗

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-4-7 14:52:54

dengyh 发表于 2024-4-7 14:43
好的，谢谢老师，我的体系是含8个Cd金属的配合物（共260个原子），中间体有9个，还有过渡态，所以用了BLY ...

可以是可以，但建议做完结构优化、找完过渡态后，用r2SCAN、TPSS、MN15L三种泛函中至少一种算一下单点，看下能垒差别大不大，不然到时候审稿人质疑你用的泛函，你再去补计算，就被动了。

dengyh · 发表于 Post on 2024-4-7 14:43:51

zjxitcc 发表于 2024-4-7 13:57
当前计算级别有点低，除非体系实在是太大，即使是结构优化也不要用这么低的计算级别。一般来说你描述的东西 ...

好的，谢谢老师，我的体系是含8个Cd金属的配合物（共260个原子），中间体有9个，还有过渡态，所以用了BLYP-D3/def2-SVP级别，不知这个级别审稿人是否认可？

zjxitcc · 发表于 Post on 2024-4-7 13:57:26

当前计算级别有点低，除非体系实在是太大，即使是结构优化也不要用这么低的计算级别。一般来说你描述的东西在计算上是多步反应，每次只能反应1个位点；少数时候同时有2个位点发生反应，可视为是协同反应；计算上不太可能是很多位点同时反应，因为你搜索过渡态=找一阶鞍点，就1个虚频，对应一个期望的振动模式，所以一般来说就对应一两个反应位点。虽说二阶鞍点理论上可以有两个期望的振动模式，但这种东西在理论计算上没人关心。

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[综合交流] 同时发生反应，用ORCA计算过渡态是否合理？