使用CP2K进行AIMD卡住

lucky1999 · 发表于 Post on 2024-4-7 11:21:58

各位老师，我使用CP2K进行LiCl溶液的AIMD，但是MD进行2-3步后就会卡住，不知道哪儿出了问题。附件中是在超算上提交任务的脚本、输入和输出文件。谢谢各位老师。
模拟细节：初始结构由Packmol生成，CP2K输入文件由Multiwfn生成，MD系综采用NPT_I系综，对Li与Cl都在&BS中进行了波函数初猜设置，使两者都处于离子状态。步长为2 fs。

wolfli369 · 发表于 Post on 2024-4-9 15:09:20

lucky1999 发表于 2024-4-8 11:05
感谢您的回答！关于这一点，我看了一下sob老师cp2k讲义上的内容：由于初始结构偏离稳定状态较显著，在模 ...

有可能是mpi的问题，还有可能elpa编译的问题。使用培训上的解决办法试一下，应该能解决

ChemG · 发表于 Post on 2024-4-8 21:11:32

Quantum198907 发表于 2024-4-8 01:42
我之前遇到过，用openmpi就卡住，用mpich就ok~~~仅供参考

感谢分享，又学会一招，下次尝试一下

lucky1999 · 发表于 Post on 2024-4-8 11:05:47

wolfli369 发表于 2024-4-8 10:22
跑了26步，发现温度吓人

感谢您的回答！关于这一点，我看了一下sob老师cp2k讲义上的内容：由于初始结构偏离稳定状态较显著，在模拟开始后可能由于较大受力而导致水分子的原子具有较高的速度，相当于很高的温度。因此，在这里应该先做一段时间的NVT，使体系温度平衡在298.15 K附近后，再采用NPT。
我注意到您使用您的cp2k跑，跑了26步。我在想为什么您可以跑这么多步，而我在超算上跑3步后就卡住了。是因为采用了不同的mpi并行方式吗？

wolfli369 · 发表于 Post on 2024-4-8 10:22:19

跑了26步，发现温度吓人

lucky1999 · 发表于 Post on 2024-4-8 08:34:01

Quantum198907 发表于 2024-4-8 01:42
我之前遇到过，用openmpi就卡住，用mpich就ok~~~仅供参考

收到，谢谢老师！

lucky1999 · 发表于 Post on 2024-4-8 08:33:45

ChemG 发表于 2024-4-7 23:04
我用cp2k跑NPT也总会卡住，不行直接跑NVT吧，NVT没这问题

收到，谢谢老师！

Quantum198907 · 发表于 Post on 2024-4-8 01:42:32

ChemG 发表于 2024-4-7 23:04
我用cp2k跑NPT也总会卡住，不行直接跑NVT吧，NVT没这问题

我之前遇到过，用openmpi就卡住，用mpich就ok~~~仅供参考

ChemG · 发表于 Post on 2024-4-7 23:04:48

我用cp2k跑NPT也总会卡住，不行直接跑NVT吧，NVT没这问题

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