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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › Desmond周期性边界出错导致配体在溶液内外跳动
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[其它程序] Desmond周期性边界出错导致配体在溶液内外跳动

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Azrael

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发表于 Post on 2024-4-8 16:32:02 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励 |正序浏览 |阅读模式 Reading model
  各位老师，使用Desmond跑完动力学模拟后，发现轨迹显示原本应该结合到蛋白质口袋里的配体，在结合口袋和溶液内外反复跳跃，这个大概率是周期性边界的问题，AMBER用cpptraj的autoimage命令就可以解决，但是desmond该如何解决呢？

命数如织，当为磐石
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