gromacs运行’gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro ...'报错，求助解决方法

小豌豆 · 发表于 Post on 2024-4-11 16:28:17

本人新手小白，请各位大佬帮忙！
我模拟体系的蛋白质是多条肽链的聚合物，在运行gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr命令时报错如下：
输入 -maxwarn 显示未找到命令
尝试网上其他搜索的解决办法无果，希望大家帮忙看看怎么解决，非常感谢！

Liota · 发表于 Post on 2024-5-14 14:09:37

小豌豆发表于 2024-4-12 11:20
是的，后面有中和电荷，谢谢！

在未添加中和电荷前报错可以忽略，因为你后面还会添加中和电荷

小豌豆 · 发表于 Post on 2024-4-12 11:20:45

wanzongliang 发表于 2024-4-11 16:45
应该是gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1
而且你这个体系电荷 ...

是的，后面有中和电荷，谢谢！

小豌豆 · 发表于 Post on 2024-4-12 11:20:15

Lance先生发表于 2024-4-11 20:12
忽略警告就行吧

是的，忽略了，然后后面了中和电荷

小豌豆 · 发表于 Post on 2024-4-12 11:19:41

sobereva 发表于 2024-4-12 06:03
蛋白质体系总体净电荷不为0时显然得用gmx genion加抗衡离子，属于基本的蛋白质模拟常识。参考北京科音分子 ...

已解决，谢谢社长！

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-12 06:03:36

蛋白质体系总体净电荷不为0时显然得用gmx genion加抗衡离子，属于基本的蛋白质模拟常识。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）讲蛋白质模拟部分的ppt：

Lance先生 · 发表于 Post on 2024-4-11 20:12:11

忽略警告就行吧

wanzongliang · 发表于 Post on 2024-4-11 16:45:19

应该是gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 1
而且你这个体系电荷不平衡，如果电荷过多后面可能要考虑加反离子

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[GROMACS] gromacs运行’gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro ...'报错，求助解决方法

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