跑蛋白多聚体能量最小化报错，求大佬解答

-Vanilla-

用gmx跑了一个蛋白四聚体，在生成tpr文件的时候warn：“The largest distance between excluded atoms is 8.825 nm between atom
  22400 and 22402, which is larger than the cut-off distance.”，后面跑能量最小化的时候报错：“There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type
consisting of 44800 atoms. The longest distance involved in such interactionsis 8.613 nm which is close to half the box length.”

检查了top文件和gro文件，顺序没错，提示里的两个原子是属于两个不同单体的原子（分别是N端和C端），请问大佬们这里应该怎么解决呢，不胜感激！

tianjue

-Vanilla- 发表于 2024-4-19 14:11
已经解决了，我之前在预处理蛋白的时候把四个配体合成一个分子了，后面用单独四个分子跑就没问题不会报错

请问是怎么分为四个分子跑的呢?是每个原子单独成链吗，还是每个分子采用不同的命名呢？

-Vanilla-

Seyilaxa 发表于 2024-4-19 13:53
要么是盒子尺寸设置不合理，要么就是模拟崩溃了。
检查一下拓扑文件和.gro文件内的信息是否都正确。

已经解决了，我之前在预处理蛋白的时候把四个配体合成一个分子了，后面用单独四个分子跑就没问题不会报错

Seyilaxa

要么是盒子尺寸设置不合理，要么就是模拟崩溃了。
检查一下拓扑文件和.gro文件内的信息是否都正确。