怎么把菱形的Ag(111)晶面搞成长方形的？

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2024-5-5 12:12:41

本帖最后由 WOOOOWOOOO 于 2024-5-5 12:14 编辑

想做一个吸附的问题，切了一个晶面，但是菱形状的。CP2K菱形盒子好像不能算，长方形的盒子原子没充满，如图，这能算吗？最好是晶面是长方形的，然后盒子也是长方形的，请问这要怎么做？

123wo · 发表于 Post on 2024-5-6 10:54:54

可以在MS里面重定义晶格，改一下三个方向的晶格矢量，很方便的。代价是原子数可能变多。

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-5-6 10:11:18

我同意3#的说法，GView切晶面的过程要比MS用户流程稍长，尤其涉及到暴露终端调整的情况，如果不明确这点我们可以画个操作流程图一对比就可以有比较科学量化的论断。功能角度说，对特定对称性的晶胞得到的表面并不是primitive的情况，还得手动去约化晶胞矢量，虽然本身不是错误。MS贵是贵，其他方面的性能需要客观讨论。替代品也可以是ASE和Pymatgen，但多少要知道一些晶体学的知识甚至是相关算法，要对原始建模的程序适当扩展才能达到相同的效果。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-6 00:16:52

再补充一句，对于纯泛函，CP2K算正交晶胞比非正交晶胞效率更高一点。但如果刻意改成正交晶胞时反倒需要付出更大代价（原子数明显更多），那就不值得这么搞了。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-5 23:56:45

乐平发表于 2024-5-5 15:38
周期性体系建模真心不建议用 GaussView……

周期性体系用 Materials Studio 建模对于新手会友好很多。

很多人没接触过GaussView的PBC editor功能、网上也鲜有人宣传罢了。这个PBC editor界面友好得很，扩胞、重新定义晶胞、切晶面、原子卷入、裁切、晶轴变换、居中对象、判断空间群等常规操作全都有，和GaussView其它功能一样上手很快，调整结构也极其方便，相当好用。只不过Gaussian算周期性体系方面比较废，导致GaussView对周期性体系的很好用的建模功能的重要价值被严重埋没了。

乐平 · 发表于 Post on 2024-5-5 15:38:55

周期性体系建模真心不建议用 GaussView……

周期性体系用 Materials Studio 建模对于新手会友好很多。
B站里有很好的建模视频教程（也是本论坛里的啦啦黑还黑录制的视频）

在 B 站搜 “超详细Materials Studio建模”，分上，中，下三个部分。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-5 13:35:24

“CP2K菱形盒子好像不能算” 从来没这回事
gview里手动重新定义晶格，要么用atomsk程序搞成正交晶胞

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[建模与可视化] 怎么把菱形的Ag(111)晶面搞成长方形的？

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