求助：模拟大量水分子通过不同温度纳米通道的过程如何控温

1015866003 · 发表于 Post on 2024-5-5 13:25:35

本帖最后由 1015866003 于 2024-5-5 13:26 编辑

如图，纳米通道是由两片石墨烯构成，所以我将其固定住，之间保留2nm孔隙让水分子通过，但是我一旦h2o和sheet3-5分别控温的话，水分子由于温度太低就不动了，后面我查了一下温度，石墨烯温度恒为零，想知道如果我想研究不同温度的石墨烯对水分子通过这个孔隙的影响，应该如何操作呢？

2nm-wat.pdb (385.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-8 19:32:21

1015866003 发表于 2024-5-6 17:46
好的sob老师，我没注意到这个功能，感谢提醒。

昨天我按照链接里的内容，操作如下：

既然有#ifdef POSRES这样预处理指令，显然mdp里得写define = -DPOSRES才能令下面的设置生效

1015866003 · 发表于 Post on 2024-5-6 17:46:09

本帖最后由 1015866003 于 2024-5-6 17:49 编辑

sobereva 发表于 2024-5-6 00:45
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

好的sob老师，我没注意到这个功能，感谢提醒。

昨天我按照链接里的内容，操作如下：
一、执行gmx genrestr -f 2nm-wat.pdb -o 2nm-wat_posre.itp，得到2nm-wat_posre.itp
二、在topol.top里，增加
; Include Position restraint file
#ifdef POSRES
#include "2nm-wat_posre.itp"
#endif
三、在mdp文件里面删除freeze设定，同时增加控温设定
Tcoupl = V-rescale
tau_t = -1 0.2
tc_grps = h2o sheet3-5
ref_t = 298.15 348.15
但是动力学结束之后，位置限定仿佛没起作用啊，三块石墨烯片到处乱跑

，还得麻烦sob老师再帮我看看

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-6 00:45:08

1015866003 发表于 2024-5-5 16:01
感谢sob老师的回答！但是我还有一点不明白，我是应该用restraint还是constraint呢？明白了这一点之后，是直 ...

解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

要想得到我的回答，每次点击我帖子下方的回复按钮，否则>99%的概率我看不到

1015866003 · 发表于 Post on 2024-5-5 16:01:45

感谢sob老师的回答！但是我还有一点不明白，我是应该用restraint还是constraint呢？明白了这一点之后，是直接在mdp文件里面设置如（restraint = sheet3-5）吗？因为此前对这三种模拟技术用的少，我都混淆了

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-5 13:45:57

用freeze可不温度恒为零。改成位置限制才不会恒为零。本来当前就应该用位置限制而不是freeze

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