求助psi4或者pyscf x2c相对论计算

banxia

各位老师好。我查找了psi4的说明书，在相对论计算的时候往往需要指定两个关键词，basis :xxxx; basis_relativistic:xxxxx-decon。请问后者是把前面的基组转化成未收缩的吗，这种和pyscf自己指定基组时直接前面加unc-有啥区别吗？以上两个软件任意一个有熟悉的老师能告诉我一点是一点，我讲两个程序的基组打印出来发现是一样的，但是不知道为什么能量差的很大，谢谢各位老师

banxia

hebrewsnabla 发表于 2024-5-16 20:13
mokit不支持conda-forge channel来源的环境（这是对于conda安装来说，自己编译的话什么环境都是可以的） ...

好的，老师。我大概知道您的意思了，我试试。谢谢老师！

hebrewsnabla

banxia 发表于 2024-5-16 19:28
没问题的，老师。
# packages in environment at /home/meng/src/anaconda3/envs/mokit-py39:
#

mokit不支持conda-forge channel来源的环境（这是对于conda安装来说，自己编译的话什么环境都是可以的）。一般来说正常安装anaconda或miniconda，创建环境时包的channel是defaults。可以试试重新安装官方来源的anaconda。

理论上我们可以发布一种适配conda-forge的mokit，但是暂时没时间做。

banxia

hebrewsnabla 发表于 2024-5-16 18:18
可以展示一下此环境中的conda list 输出内容吗。

我最近给mokit修复了某些情况下的此种问题，但是我能 ...

没问题的，老师。
# packages in environment at /home/meng/src/anaconda3/envs/mokit-py39:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                 conda_forge    conda-forge
_openmp_mutex             4.5                       2_gnu    conda-forge
bzip2                     1.0.8                hd590300_5    conda-forge
ca-certificates           2024.2.2             hbcca054_0    conda-forge
icu                       73.2                 h59595ed_0    conda-forge
intel-openmp              2023.1.0         hdb19cb5_46306
ld_impl_linux-64          2.40                 h55db66e_0    conda-forge
libblas                   3.9.0           22_linux64_openblas    conda-forge
libcblas                  3.9.0           22_linux64_openblas    conda-forge
libffi                    3.4.2                h7f98852_5    conda-forge
libgcc-ng                 13.2.0               h77fa898_7    conda-forge
libgfortran-ng            13.2.0               h69a702a_7    conda-forge
libgfortran5              13.2.0               hca663fb_7    conda-forge
libgomp                   13.2.0               h77fa898_7    conda-forge
libhwloc                  2.10.0          default_h2fb2949_1000    conda-forge
libiconv                  1.17                 hd590300_2    conda-forge
liblapack                 3.9.0           22_linux64_openblas    conda-forge
libnsl                    2.0.1                hd590300_0    conda-forge
libopenblas               0.3.27          pthreads_h413a1c8_0    conda-forge
libsqlite                 3.45.3               h2797004_0    conda-forge
libstdcxx-ng              13.2.0               hc0a3c3a_7    conda-forge
libuuid                   2.38.1               h0b41bf4_0    conda-forge
libxcrypt                 4.4.36               hd590300_1    conda-forge
libxml2                   2.12.7               hc051c1a_0    conda-forge
libzlib                   1.2.13               hd590300_5    conda-forge
mkl                       2023.1.0         h213fc3f_46344
mokit                     1.2.6rc30       py3.9_1234567_3    mokit
ncurses                   6.5                  h59595ed_0    conda-forge
numpy                     1.25.2           py39h6183b62_0    conda-forge
openssl                   3.3.0                hd590300_0    conda-forge
pip                       24.0               pyhd8ed1ab_0    conda-forge
python                    3.9.19          h0755675_0_cpython    conda-forge
python_abi                3.9                      4_cp39    conda-forge
readline                  8.2                  h8228510_1    conda-forge
setuptools                69.5.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
tbb                       2021.12.0            h00ab1b0_0    conda-forge
tk                        8.6.13          noxft_h4845f30_101    conda-forge
tzdata                    2024a                h0c530f3_0    conda-forge
wheel                     0.43.0             pyhd8ed1ab_1    conda-forge
xz                        5.2.6                h166bdaf_0    conda-forge
zlib                      1.2.13               hd590300_5    conda-forge

hebrewsnabla

banxia 发表于 2024-5-16 16:54
老师，我在新的环境里重新装了mokit,方法是mokit主页的Option 1: Install from conda (for Linux only)， ...

可以展示一下此环境中的conda list 输出内容吗。

我最近给mokit修复了某些情况下的此种问题，但是我能测试的情况有限，可能没覆盖到所有的可能性。

banxia

zjxitcc 发表于 2024-5-16 15:28
若创建新的虚拟环境，先确保mokit可用，比如启动python运行
from mokit.lib import rwgeom
看看是否有 ...

老师，我在新的环境里重新装了mokit,方法是mokit主页的Option 1: Install from conda (for Linux only)，python之后执行from mokit.lib import rwgeom还是报一样的错：ImportError: /home/meng/src/anaconda3/envs/mokit-py39/lib/python3.9/site-packages/mokit/lib/qchem.cpython-39-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: GOMP_parallel

zjxitcc

banxia 发表于 2024-5-16 15:21
老师我的确实是最新版。那我创建新的环境重新安装吧

若创建新的虚拟环境，先确保mokit可用，比如启动python运行
from mokit.lib import rwgeom
看看是否有报错。若还想在此虚拟环境中使用pyscf，可以用conda install pyscf -c pyscf现装一个。

banxia

zjxitcc 发表于 2024-5-16 15:07
可以不创建新的虚拟环境，直接conda install mokit -c mokit安装，但可能你安装的版本过旧，现在已经更新 ...

老师我的确实是最新版。那我创建新的环境重新安装吧

zjxitcc

banxia 发表于 2024-5-16 15:00
老师我是在本来装有psi4和pyscf的虚拟环境里用conda install mokit -c mokit安装的。那么我需要创建新的 ...

可以不创建新的虚拟环境，直接conda install mokit -c mokit安装，但可能你安装的版本过旧，现在已经更新到v1.2.6rc30了。若你遇到了使用问题，还是建议你严格按照方式一安装。

banxia

zjxitcc 发表于 2024-5-16 13:36
版本问题/OpenMP库兼容性问题。你是通过何种方式安装的MOKIT？一般来说，MOKIT有4种安装方式（见中文说明 ...

老师我是在本来装有psi4和pyscf的虚拟环境里用conda install mokit -c mokit安装的。那么我需要创建新的虚拟环境安装吗，我试试

zjxitcc

banxia 发表于 2024-5-16 10:39
Traceback (most recent call last):
老师，我运行之后产生了pyscf的输入文件，但是输出一开始就报错了 ...

版本问题/OpenMP库兼容性问题。你是通过何种方式安装的MOKIT？一般来说，MOKIT有4种安装方式（见中文说明），说明你是按照哪一种方式安装，是否自由发挥（比如没有新创一个虚拟环境，直接在旧环境中装）。当然，你也可以不用回答我，严格按照方式一安装即可。

banxia

zjxitcc 发表于 2024-5-9 19:06
通过conda安装的mokit确实有这个基组路径问题。你现在安装最新版就可以了。举个例子，（在合适的虚拟环境 ...

Traceback (most recent call last):
老师，我运行之后产生了pyscf的输入文件，但是输出一开始就报错了。老师请问这是什么原因呀  File "/home/meng/mokit/test/geh_uhf.py", line 2, in <module>
    from mokit.lib.py2fch_direct import fchk
  File "/home/meng/src/anaconda3/envs/psi4env/lib/python3.10/site-packages/mokit/lib/__init__.py", line 13, in <module>
    from mokit.lib.qchem import *
ImportError: /home/meng/src/anaconda3/envs/psi4env/lib/python3.10/site-packages/mokit/lib/qchem.cpython-310-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: GOMP_parallel

banxia

zjxitcc 发表于 2024-5-9 19:06
通过conda安装的mokit确实有这个基组路径问题。你现在安装最新版就可以了。举个例子，（在合适的虚拟环境 ...

好的，老师我再试试！非常感谢！

zjxitcc

banxia 发表于 2024-5-9 17:13
老师我看过了，就是从mokit//mokit这里出现问题了，本来mokit下面就是basis，不知道为啥它又去mokit/ ...

通过conda安装的mokit确实有这个基组路径问题。你现在安装最新版就可以了。举个例子，（在合适的虚拟环境中）运行conda update mokit。
以防万一conda update也不行，你还可以这样
conda uninstall mokit
conda install mokit -c mokit

banxia

zjxitcc 发表于 2024-5-9 17:08
那你看看/home/meng/src/anaconda3/envs/psi4env/lib/python3.10/site-packages/mokit//mokit/basis/x2c- ...

老师我看过了，就是从mokit//mokit这里出现问题了，本来mokit下面就是basis，不知道为啥它又去mokit//mokit下找basis了