在进行分子动力学模拟过程中RMSD的波动范围较大，该如何优化

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-5-19 15:50:45

本帖最后由刘梦琪于 2024-5-19 15:52 编辑

想问一下，我对一个蛋白质和两段多肽组成的复合结构进行了200 ns的分子动力学模拟。
这个复合物的PDB图如下

并用这样的代码绘制了RMSD曲线，但是RMSD的曲线波动范围仍较大（红色线为蛋白和肽的结果），想问一下这可能是什么原因引起的呀？
gmxtrjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -center

10

gmxrms -s em.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd_xtal.xvg -tu ns

40

可以经过怎样的处理和优化能让RMSD稳定一些呢？

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-5-20 14:10:38

本帖最后由刘梦琪于 2025-7-7 15:51 编辑

拿VMD查看了一下，发现蛋白质和两条短肽的距离很远，分别在盒子的两个边缘处。

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-5-20 14:01:00

sobereva 发表于 2024-5-20 02:33
仔细把此文里关于RMSD的部分看了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（h ...

好滴，感谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-20 02:33:06

仔细把此文里关于RMSD的部分看了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-5-19 17:55:06

刘梦琪发表于 2024-5-19 17:17
-center时选的是蛋白质组和系统，那要是复合物的肽在盒子边缘这种情况应该怎么选择呀？

用gmx make_ndx，把其中一段肽链单独分一个group
然后在gmx trjconv用-n指定上一步生成的.ndx文件，-center时选择上一步生成的group

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-5-19 17:17:38

Seyilaxa 发表于 2024-5-19 16:15
这么大的RMSD波动肯定不是正常的结果。
模拟后有查看过轨迹看看突跃点发生了什么吗，是不是轨迹处理得不合 ...

-center时选的是蛋白质组和系统，那要是复合物的肽在盒子边缘这种情况应该怎么选择呀？

Seyilaxa · 发表于 Post on 2024-5-19 16:15:05

本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-5-19 16:16 编辑

这么大的RMSD波动肯定不是正常的结果。
模拟后有查看过轨迹看看突跃点发生了什么吗，是不是轨迹处理得不合理导致蛋白穿过盒子
如果-center时选中的是protein组，可能导致某一段时间内复合物的两条肽链分布于盒子的两个边缘（而此时质心依旧在盒子中间）

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