Lys和Asp侧链异肽键相关力场参数的添加

MELO · 发表于 Post on 2024-5-30 09:32:25

本帖最后由 MELO 于 2024-6-1 13:45 编辑

各位老师好，最近课题组在进行融合蛋白的研究，需要对力场文件添加基于ASP和LYS参数修改后含异肽键的ASQ和LYT。
我的问题是模拟的融合蛋白中包含异肽键，即Lys侧链中的NZ和Asp侧链中的CG进行连接，如图一所示。在修改amber14sb_parmbsc1.ff力场中aminoacids.hdb和aminoacids.rtp，以及top文件夹中residuetypes.dat和specbond.dat后加氢成功，但无法正常生成肽键-NH-CO-，需要手动在topol.top中手动添加这一异肽键。

虽然加氢后的初始构象没问题，但是在经过能量最小化后的构象出现如图二所示的错误结构。

这几个力场文件还需要调整哪些参数，还需要设置力场中哪些文件，还请各位老师能够指点一下！谢谢！

luyu · 发表于 Post on 4 day ago

MELO 发表于 2024-6-1 13:33
我也是想从根源上解决这个问题，直接从力场文件中添加相关参数，直接通过pdb2gmx生成这一个键，但是目前 ...

请问你解决了吗

MELO · 发表于 Post on 2024-6-1 13:33:48

对抗路达摩发表于 2024-5-31 16:45
我当初做过一个类似的建模，是把两个MET的S用一个有机基团连接起来，实验组的同学把这个叫做“硫盐”。我当 ...

我也是想从根源上解决这个问题，直接从力场文件中添加相关参数，直接通过pdb2gmx生成这一个键，但是目前没有解决这个问题。

对抗路达摩 · 发表于 Post on 2024-5-31 16:45:10

我当初做过一个类似的建模，是把两个MET的S用一个有机基团连接起来，实验组的同学把这个叫做“硫盐”。我当时的实现是准备好为成键的两边，用pdb2gmx生成拓扑文件，然后再手动生成连接部分的各种键连关系。这个方法有点繁琐，但应该是可以work的

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[GROMACS] Lys和Asp侧链异肽键相关力场参数的添加

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