分段计算共聚物的RESP电荷后如何合并

nku_linz · 发表于 Post on 2024-6-4 21:30:13

效仿sob老师的博文《RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算》（http://sobereva.com/441），将一个较大体系的共聚物进行拆分，并对连接端进行饱和后，用Multiwfn计算RESP电荷。现在我有几个片段的RESP电荷，但和整个共聚物的原子序号并不匹配。

1.请教是否有优雅的方法将片段的RESP电荷信息添加到整个共聚物的.itp文件中，进而用于MD？只能一个一个原子往里面填吗？

2.以片段拆分的方式计算RESP电荷，因为添加了甲基饱和连接端，当整合成一个共聚物后，RESP电荷会不会不匹配？比如和预设的总体静电荷对不上？

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-8 19:39:39

nku_linz 发表于 2024-6-8 13:27
我想尝试一下拉直后做一个收敛阈值宽松的优化。平时产生ORCA输入文件都依赖于Multiwfn，设置收敛阈值的关 ...

我说的是几何优化收敛阈值，不是SCF收敛阈值

nku_linz · 发表于 Post on 2024-6-8 13:27:49

sobereva 发表于 2024-6-8 00:06
可以尝试可以用描述色散作用不好的方法，比如B3LYP不加D3，也许能优化成比较延展的构象。拉直也可以，但 ...

我想尝试一下拉直后做一个收敛阈值宽松的优化。平时产生ORCA输入文件都依赖于Multiwfn，设置收敛阈值的关键词不太了解。参考了sloppy, tightSCF, verytightSCF对应的参数，将关键词更改如下是否合适？

! B97-3c opt noautostart miniprint nopop
%maxcore 2000
%pal nprocs 16 end
%SCF
TCut 1e-10
Thresh 1e-8
end

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-8 00:06:31

nku_linz 发表于 2024-6-7 22:57
谢谢社长解答！我尝试分段计算后，在MD时崩溃了，感觉是我分段不太合理导致RESP电荷不适用。
后来又想， ...

可以尝试可以用描述色散作用不好的方法，比如B3LYP不加D3，也许能优化成比较延展的构象。拉直也可以，但之后最好再优化一下，收敛阈值可以设得很宽松

nku_linz · 发表于 Post on 2024-6-7 22:58:02

本帖最后由 nku_linz 于 2024-6-7 22:59 编辑

这是我的聚合物结构，上下是两条多糖链，中间由硼酸复合物连接

nku_linz · 发表于 Post on 2024-6-7 22:57:28

sobereva 发表于 2024-6-5 03:00
1 没有简单方法，除非体系特征很简单
2 Multiwfn算RESP电荷时恰当设置片段电荷的约束，保证重复单元区域净 ...

谢谢社长解答！我尝试分段计算后，在MD时崩溃了，感觉是我分段不太合理导致RESP电荷不适用。
后来又想，我的聚合物分子原子数是207，用ORCA里的B97-3c做优化和算单点似乎也能算的动，打算干脆一步到位。我先用了xtb里的GFN2优化，发现分子卷曲了，在ORCA里做完结构优化也是卷曲的构象。
1.我担心这样卷曲的构象分子内存在非共价作用，在算单点和之后的限制性计算RESP电荷会不会不合理？
2.可否参考您博文《利用Gaussian或ORCA程序把分子结构拉直的几种方法》http://bbs.keinsci.com/thread-22945-1-1.html 将两条聚合物链拉直，然后直接算单点用于计算RESP电荷？

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-5 03:00:52

1 没有简单方法，除非体系特征很简单
2 Multiwfn算RESP电荷时恰当设置片段电荷的约束，保证重复单元区域净电荷为期望值

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