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[Molclus] 可以用molclus直接调用xtb在GFN-2下批量优化,再取结构最小的50个结构用高斯优化吗?

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本帖最后由 阿西西 于 2024-6-21 21:54 编辑

新手求助:感谢各位
问题1.gentor得到625个结构(80个原子左右,含一个过渡金属),可以直接用molclus调用xtb在GFN-2下批量优化,然后再筛选出结构最小的20-50个结构(能量去重阈值和结构去重阈值分别为0.5和0.2),用高斯计算吗?还是说必须得先GFN-1再GFN-2,然后再使用高斯进行优化?

问题2:同一个体系,不同的结构,用molclus调用xtb可以使用不同方法计算吗?一共三个结构,原子数为80左右,含一个过渡金属。第一个结构用GFN-FF力场跑出来没问题,但是第二个和第三个结构用完分子结构整个散掉了,键消失了直接,所以我这俩用GFN-1或者GFN-2,还有一个结构用GFN-FF力场计算可以吗?还是说最好还是要保持方法一致


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发表于 Post on 2024-6-22 02:55:41 | 只看该作者 Only view this author
“先GFN-1再GFN-2”毫无意义,本来二者精度就半斤八两,耗时相差也不很大。若无特殊情况,只需要用其中一个

三个结构都用GFN2-xTB就完了,用更槽的GFN-FF没任何理由,更何况当前已经发现结果异常

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阿西西 + 4 赞!

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发表于 Post on 2024-6-21 23:43:46 | 只看该作者 Only view this author
可以,但个人建议GFN2-xTB批量优化完以后,先用DFT/double zeta批量算个单点,再排序、筛选。这个和用低级别优化、高级别算单点是一个道理,只不过这里是用非常低的级别优化、不太低的级别算单点。
不同分子的构象搜索,最好方法一致,这样如果你用的方法会系统性地漏掉某一类构象,可以使得算不同分子的时候倾向于漏掉的构象种类都差不多,可能可以有一定的误差抵消。不过我不确定不统一是不是一定不行,如果不放心,可以调研文献,如果查10篇文献都没看到不同分子用不同方法搜索构象的例子,那么这么做估计大家是不太认可的

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阿西西 + 4 嗯嗯,感谢您的解答!

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