可以用molclus直接调用xtb在GFN-2下批量优化，再取结构最小的50个结构用高斯优化吗？

阿西西 · 发表于 Post on 2024-6-21 21:49:56

本帖最后由阿西西于 2024-6-21 21:54 编辑

新手求助：感谢各位
问题1.gentor得到625个结构（80个原子左右，含一个过渡金属），可以直接用molclus调用xtb在GFN-2下批量优化，然后再筛选出结构最小的20-50个结构（能量去重阈值和结构去重阈值分别为0.5和0.2），用高斯计算吗？还是说必须得先GFN-1再GFN-2，然后再使用高斯进行优化？

问题2：同一个体系，不同的结构，用molclus调用xtb可以使用不同方法计算吗？一共三个结构，原子数为80左右，含一个过渡金属。第一个结构用GFN-FF力场跑出来没问题，但是第二个和第三个结构用完分子结构整个散掉了，键消失了直接，所以我这俩用GFN-1或者GFN-2，还有一个结构用GFN-FF力场计算可以吗？还是说最好还是要保持方法一致

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-6-21 23:43:46

可以，但个人建议GFN2-xTB批量优化完以后，先用DFT/double zeta批量算个单点，再排序、筛选。这个和用低级别优化、高级别算单点是一个道理，只不过这里是用非常低的级别优化、不太低的级别算单点。
不同分子的构象搜索，最好方法一致，这样如果你用的方法会系统性地漏掉某一类构象，可以使得算不同分子的时候倾向于漏掉的构象种类都差不多，可能可以有一定的误差抵消。不过我不确定不统一是不是一定不行，如果不放心，可以调研文献，如果查10篇文献都没看到不同分子用不同方法搜索构象的例子，那么这么做估计大家是不太认可的

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-22 02:55:41

“先GFN-1再GFN-2”毫无意义，本来二者精度就半斤八两，耗时相差也不很大。若无特殊情况，只需要用其中一个

三个结构都用GFN2-xTB就完了，用更槽的GFN-FF没任何理由，更何况当前已经发现结果异常

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[Molclus] 可以用molclus直接调用xtb在GFN-2下批量优化，再取结构最小的50个结构用高斯优化吗？

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