使用Molclus结合xtb做构象搜索过程中ORCA不能被调用

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参照博文“使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索”（http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html）进行练习。

进行到“第四步：用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能”,

molclus的settings.ini将ngeom修改为3，orca_path修改了，其它内容未改。

template.gjf中修改%mem=32GB, %nproc=8，其它内容未改。

template_SP.inp中修改%maxcore 3000, %pal nprocs 8，删除grid4 gridx4，其它内容未改。

上述两个template文件从博文中下载。orca版本为5.04，Gaussian版本为16。Vmware的虚拟机，RockyOS 9.4。

Molclus调用Gaussian针对第一个构象Configuration 1做opt+freq，终端页面显示“Opt + freq task normally terminated”，“Fine, there is no imaginary frequency”，（图1），out文件中显示freq的四个收敛指标中Maximum Displacement     0.002326     0.001800     NO，其它三个为Yes。

之后Molclus本应调用orca做单点能，但是显示如图2的预警信息，最后显示“Error: Single point calculation did not normally terminated! The task is regarded as failed”（图1），orcaSP00001.out文件中显示

“以下参数无效: orcaSP.inp

此会话已有一个屏幕阅读器进程正在运行。

运行“orca --replace”命令以用新的取代已有进程。”

紧接着Molclus就调用Gaussian开始针对第二个构象Configuration 2做opt+freq。

请教各位，这过程中orca 5.04出了什么问题？该如何尝试解决？

PS:这个过程中开了两个终端，有个终端是之前忘了关的，截图2就来自这个终端，里面显示时间（21:25:43）就是Configuration 1快做完opt+freq的时间。

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snljty2 发表于 2024-6-25 10:56
不行，alias无法传给子Shell，而molclus是在子shell中运行的，其调用的orca又是在其子shell中。

在settings.ini里面加上orca的完整路径成功调用orca。
将settings.ini里ibkout= -1，Molclus判断文件夹下有gau00001.out直接就调用orca开始Configuration 1的单点能计算，很灵活。
谢谢您。

snljty2

751960653 发表于 2024-6-25 10:28
您好，谢谢您的解答，我再在settings.ini里面加上orca的完整路径试试。
我在安装orca时已在.bashrc里加 ...

不行，alias无法传给子Shell，而molclus是在子shell中运行的，其调用的orca又是在其子shell中。

751960653

snljty2 发表于 2024-6-25 10:12
molclus的settings.ini里面的orca_path参数设置不对，应该设置成orca程序完整绝对路径，否则无法并行运行。 ...

您好，谢谢您的解答，我再在settings.ini里面加上orca的完整路径试试。
我在安装orca时已在.bashrc里加上alias orca='/home/username/orca504/orca',并且在终端中输入’orca‘也是可以正确打开orca软件进行计算的，在这样的情况下，Molclus里的settings.ini设置也不能只用‘orca'代替完整路径吗？

snljty2

molclus的settings.ini里面的orca_path参数设置不对，应该设置成orca程序完整绝对路径，否则无法并行运行。而且你只设成orca的话，由于PATH里面变量的先后顺序设置的不对，看起来是调用了系统自带的一个叫orca的Gnome阅读器，而不是量子化学程序orca。