求助如何计算分子间C6色散系数

400__LUX · 发表于 Post on 2024-6-27 21:16:59

本帖最后由 400__LUX 于 2024-6-28 10:52 编辑

本人在利用MESS学习计算速率常数时，碰到利用相空间理论计算反应物到反应复合物的无势垒步骤。经查阅文献，不同分子间C6系数可用以下方法进行计算（以neo-C5H12和NO2的反应为例）：

为复现该参数，我利用M062X/6-311++G**计算了neo-C5H12和NO2的垂直电离能（neo-C5H12的电荷和自旋多重度分别设置为0,1和1,2；NO2的电荷和自旋多重度分别设置为0,2和1,1，读取输出末尾HF能量，基于得到的单点能作差，得到结果：neo-C5H12:0.4113102;NO2：0.4356414），随后通过AlphaML: machine learning of molecular polarizabilities网站查找了neo-C5H12和NO2的极化率（基于文献所给的几何结构生成XYZ文件，并直接取的Extented XYZ的注释中“ccsd_polarizability=”后面的第一个值，分别为：neo-C5H12:65.332839;NO2：19.783455）。最后通过上式计算得到C6=401.17 a.u.，与文中计算的285.1 a.u.差很多。不知是否是我对式子中极化率和电离能的理解错误、选取计算级别不合适（文献所有单点能计算在DLPNO-CCSD(T)/CBS进行）还是计算过程错误导致的，请各位大佬指点。

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-29 05:51:11

400__LUX 发表于 2024-6-28 21:18
谢谢sob老师指点。看完文献后尝试用Multiwfn输出的极化率和原子C6系数结果手动算CCl4分子间的C6系数，其 ...

这种程度误差属于很正常的程度。按照TS方法，Multiwfn给出的同分子之间的C6系数和实验系数也往往有那样的差异程度，不要对精度期望值过高

400__LUX · 发表于 Post on 2024-6-28 21:18:30

sobereva 发表于 2024-6-28 14:55
当前情况不要用双杂化泛函，没有额外好处，反倒是如果不知道或忘了写density关键词，结果垃圾

看博文 ...

谢谢sob老师指点。看完文献后尝试用Multiwfn输出的极化率和原子C6系数结果手动算CCl4分子间的C6系数，其能够和输出结果相同。随后我摘取文献中几对分子进行计算，用Multiwfn分别计算分子A和分子B的C6系数，并基于结果手动计算了分子A和B之间的C6系数，结果如下：
对于H2O和NH3分子：文献JCP, 116, 515 (2002)给出的C6系数为63.33，本人计算结果52.11
对于C2H2和CH4分子：文献JCP, 116, 515 (2002)给出的C6系数为162.5，本人计算结果184.38
对于C2H2和C5H12分子：文献JCP, 116, 515 (2002)给出的C6系数为622.9，本人计算结果739(文献仅给了分子式，我计算过程中带入的是neoC5H12，不知是否是这个原因导致误差较大)
后面我在结合提问中的C6计算方法对比算看看，再次感谢sob老师。

400__LUX · 发表于 Post on 2024-6-28 20:37:02

wzkchem5 发表于 2024-6-28 15:44
你用的这个机器学习模型，训练集好像都是闭壳层分子，很可能无法准确计算NO2这样的开壳层分子的极化率。尤 ...

谢谢老师指点。前几天想先验证一下C6计算结果，但之前我没太关注过极化率这个概念，想当然模型结果应该给的结果大致正确就没有仔细的去算，后面我在仔细验算一遍整个过程。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-6-28 15:44:54

你用的这个机器学习模型，训练集好像都是闭壳层分子，很可能无法准确计算NO2这样的开壳层分子的极化率。尤其你的体系很小，没必要为了减少计算量而用机器学习模型，用量化方法完全算得动

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-28 14:55:37

400__LUX 发表于 2024-6-28 10:49
谢谢sob老师，我昨天在查找C6时看到了这篇文章，看完这篇文章后我有个疑问就是文章例子考量的是相同分子 ...

当前情况不要用双杂化泛函，没有额外好处，反倒是如果不知道或忘了写density关键词，结果垃圾

看博文里提到的文献了解怎么由原子C6系数得到分子C6系数

400__LUX · 发表于 Post on 2024-6-28 10:49:35

sobereva 发表于 2024-6-28 05:05
参考
使用Multiwfn计算原子的C6色散系数
http://sobereva.com/709（http://bbs.keinsci.com/thread-45686 ...

谢谢sob老师，我昨天在查找C6时看到了这篇文章，看完这篇文章后我有个疑问就是文章例子考量的是相同分子间的C6系数，但我的目标是计算neo-C5H12和NO2分子间的C6系数，是不同分子间的C6系数，似乎有所不同。今天我尝试了将反应复合物的fch文件和相应原子文件带入到了Multiwfn中进行计算（计算级别：B2PLYP-D3/cc-pVTZ），结果如下图，但发现与论文中结果不符，可能计算成了复合物之间的C6系数。

所以想请教一下老师，如果我想计算不同分子间的C6系数的话，Multiwfn中的应该如何输入fch文件。

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-28 05:05:59

参考
使用Multiwfn计算原子的C6色散系数
http://sobereva.com/709（http://bbs.keinsci.com/thread-45686-1-1.html）

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[综合交流] 求助如何计算分子间C6色散系数