cp2k的“Unknown element for KIND”报错该如何解决

123wo

各位老师，cp2k初学者，在提交一个cp2k（版本2024.1）结构优化氧化铝表面任务的时候，报如下的错误：
*******************************************************************************
*   ___                                                                       *
*  /   \                                                                      *
* [ABORT]      Unknown element for KIND <O        7.901813405        4.663075186        5>. This   *
*  \___/       problem can be fixed specifying properly elements in PDB or    *
*    |        specifying a KIND section or getting in touch with one of the   *
*  O/|                                 developers!                            *
* /| |                                                                        *
* / \                                                    topology_util.F:1248 *
*******************************************************************************

我在COORD设置坐标的时候采用的是coord.inc，并且已经设置好了元素名和坐标（以下是开头的一部分）：
O        7.901813405        4.663075186        5
O        5.108697261        4.663075186        5
O        16.31481341        4.663075186        5
O        13.52169726        4.663075186        5
O        7.901813405        12.73107519        5
O        5.108697261        12.73107519        5
O        16.31481341        12.73107519        5
O        13.52169726        12.73107519        5
O        2.298755333        4.743410406        5.033520207
O        10.71175533        4.743410406        5.033520

但是在cp2k.inp文件中，已经设置了KIND：
           &KIND O
             BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
             POTENTIAL GTH-PBE-q6
           &END KIND

以及           &KIND Al
             BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
             POTENTIAL GTH-PBE-q3
           &END KIND
不知道这是由于什么原因导致的呢？感谢各位老师批评指点

Uus/pMeC6H4-/キ

xuziwen 发表于 2024-12-24 10:30
感谢回复，我是初学者，昨天在跑结构优化氧化铝和水的过渡态搜索的时候，出现了如下报错
************** ...

可是我最开始的问题还没得到回答哦，请提供你目前一切操作所依据的CP2K教程的原始出处。我感觉你和一楼都看到了同一份资料且质量可能存疑。而且从现在的回复，我也不知道我最后一句话到底有没有生效。

xuziwen

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-23 17:45
在回答问题前先问一句：是哪里来的输入文件要用coord.inc定义结构，输入文件中其他所有设置是否完全清楚 ...

感谢回复，我是初学者，昨天在跑结构优化氧化铝和水的过渡态搜索的时候，出现了如下报错
*******************************************************************************
*   ___                                                                       *
*  /   \                                                                      *
* [ABORT]       Unknown element for KIND <123>. This problem can be fixed     *
*  \___/  specifying properly elements in PDB or specifying a KIND section or *
*    |                getting in touch with one of the developers!            *
*  O/|                                                                        *
* /| |                                                                        *
* / \                                                    topology_util.F:1248 *
*******************************************************************************
我就是把coord.inc文件内容代入@INCLUDE位置，然后coord.inc里面的前几行内容是
O 1.4756663925 -0.0142888455 6.4635291271
O 3.8554695245 1.3612255431 10.8994868938
O 1.5336206148 2.7991658012 15.2957208699
O -0.7501350085 1.2841418959 6.4599215672
而且我在cp2k.inp文件中，也已经设置了KIND：
&KIND O
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-PBE-q6
    &END KIND
&KIND Al
      BaSIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-PBE-q3
    &END KIND
&KIND H
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-PBE-q1
    &END KIND
不知道是哪里导致了报错

Uus/pMeC6H4-/キ

xuziwen 发表于 2024-12-23 17:16
请问coord.inc文件是不是前两行不能有原子信息之外的东西，比如行数

在回答问题前先问一句：是哪里来的输入文件要用coord.inc定义结构，输入文件中其他所有设置是否完全清楚含义且确认合理性？

回答问题本身：如果是像这样写的，CP2K看到的输入实际上就是把coord.inc文件内容代入@INCLUDE位置，显然每行都必须是原子名、X坐标、Y坐标、Z坐标的格式。

1. &SUBSYS
   
2.   &COORD
   
3.     @INCLUDE "coord.inc"
   
4.   &END COORD
   
5. &END SUBSYS

复制代码

用外部文件定义结构的更简单方式是用TOPOLOGY字段的COORD_FILE_NAME关键词指定文件名，用COORD_FILE_FORMAT关键词指定格式，xyz、cif、pdb等均可直接支持而无需转换。

1. &SUBSYS
   
2.   &TOPOLOGY
   
3.     COORD_FILE_NAME filename
   
4.     COORD_FILE_FORMAT format
   
5.   &END TOPOLOGY
   
6. &END SUBSYS

复制代码

问题回答完但还有一句话要说：如果刚入门CP2K，推荐参考下述社长博文的方法生成输入文件，并考虑参加前言提到的CP2K第一性原理计算培训班。
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

xuziwen

请问coord.inc文件是不是前两行不能有原子信息之外的东西，比如行数

123wo

1138711019 发表于 2024-6-28 16:39
O        7.901813405        4.663075186        5
坐标这里错了，你O后面要用空格而不是tab制表符

感谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

1138711019

O        7.901813405        4.663075186        5
坐标这里错了，你O后面要用空格而不是tab制表符