关于VASP的POSCAR在VESTA成像显示问题请教

KCM@SHU · 发表于 Post on 2024-7-4 20:26:30

本帖最后由 KCM@SHU 于 2024-7-4 20:27 编辑

各位老师，我想问一下是不是在VESTA里面加H的时候有什么特殊的操作吗？我想计算一下过氧单硫酸盐（HSO5-）在掺杂了金属原子的石墨烯上的吸附，但是每次我用VESTA打开都会出现晶胞扩大了很大倍，但是晶胞格子没变。后来我发现把POSCAR里面的H改写成其他原子，或者删除就会恢复正常的显示，请问这是什么原因呢？还想问一下老师除了VESTA之外还有其他适合VASP的可视化软件吗，我主要想后面计算出来计算一下电荷分布成像和能带分布？

李海恩 · 发表于 Post on 2024-10-10 10:31:59

KCM@SHU 发表于 2024-10-9 10:44
我也是，但是我看有的文章里面用-0.05优化的时候有生成自由基了，反正只要优化成功了没啥其他大问题你就 ...

哈哈哈，如果它真是对的就好了，多么省事

KCM@SHU · 发表于 Post on 2024-10-9 10:44:58

李海恩发表于 2024-10-8 15:41
再次谢谢lz！我用的是默认的EDIFFG = -2E-02，我再调调构型看看

我也是，但是我看有的文章里面用-0.05优化的时候有生成自由基了，反正只要优化成功了没啥其他大问题你就说他生成自由基了呀

李海恩 · 发表于 Post on 2024-10-8 15:41:45

KCM@SHU 发表于 2024-10-4 13:36
分子散了好像大概率是势能选取不当，但是也不排除是生成自由基了，不过这种情况好像很少，你先看看力收敛 ...

再次谢谢lz！我用的是默认的EDIFFG = -2E-02，我再调调构型看看

KCM@SHU · 发表于 Post on 2024-10-4 13:36:57

李海恩发表于 2024-10-4 12:51
谢谢lz回复我！不过最近跑的PMS吸附，O-OH键优化完以后被拉得很长，岂不是说明PMS在这个单原子催化剂上直 ...

分子散了好像大概率是势能选取不当，但是也不排除是生成自由基了，不过这种情况好像很少，你先看看力收敛了没，也有可能初始构型有问题，我之前也出现过这种情况，但是力一直打不到收敛标准，我也不想把力的收敛调高，就没用那个，我记得vasp好像结构优化不太智能，要多次调整构型，你可以每个氧和金属结合都算一下看看那个结合方式最佳

李海恩 · 发表于 Post on 2024-10-4 12:51:08

KCM@SHU 发表于 2024-9-29 15:05
优化成功那应该没啥问题呀，我做的也是单原子催化剂优化完催化金属和那个氧的距离在1.99左右，我觉得你这 ...

谢谢lz回复我！不过最近跑的PMS吸附，O-OH键优化完以后被拉得很长，岂不是说明PMS在这个单原子催化剂上直接变成·OH了？。。

KCM@SHU · 发表于 Post on 2024-9-29 15:06:02

乐平发表于 2024-9-29 11:47
VESTA 里只显示晶胞内的原子可以按我之前回答的内容反过来操作
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=red ...

好的，谢谢老师

KCM@SHU · 发表于 Post on 2024-9-29 15:05:51

李海恩发表于 2024-9-29 11:30
（我用VASPKIT生成的输入文件，那些都是他自带的）
催化剂是Mo单原子催化剂，切完表面然后进行结构优化 ...

优化成功那应该没啥问题呀，我做的也是单原子催化剂优化完催化金属和那个氧的距离在1.99左右，我觉得你这个应该是正常的

乐平 · 发表于 Post on 2024-9-29 11:47:22

VESTA 里只显示晶胞内的原子可以按我之前回答的内容反过来操作
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 70&fromuid=1532
选择 Do Not Search atoms beyond the boundary，就不会显示晶胞外的原子了。

很多软件都能打开 POSCAR（例如 VMD）
用 VMD 打开 POSCAR （CONTCAR, XDATCAR）可以看我之前的回答
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 65&fromuid=1532

另外 OVITO 也可以直接打开 POSCAR, CONTCAR

李海恩 · 发表于 Post on 2024-9-29 11:30:30

本帖最后由李海恩于 2024-9-29 11:36 编辑

KCM@SHU 发表于 2024-9-29 10:32
你用的啥催化剂？结构优化有成功吗？有没有可能他距离就是比你设置的初始距离要远一点？你可以看看吸附能 ...

（我用VASPKIT生成的输入文件，那些都是他自带的）
催化剂是Mo单原子催化剂，切完表面然后进行结构优化成功了的！

谢谢lz建议，我先算算吸附能！

KCM@SHU · 发表于 Post on 2024-9-29 10:32:19

李海恩发表于 2024-9-29 09:41
谢谢lz回复我！是我NELECT写错了！
能否再请教一下lz吸附的计算过程QAQ，
为啥我按照原子半径算了成键 ...

你用的啥催化剂？结构优化有成功吗？有没有可能他距离就是比你设置的初始距离要远一点？你可以看看吸附能是不是负的，我也是新手可以互相交流一下，我感觉你这个INCAR文件设置的参数好多啊，要是都确定你可以再看看POSCAR和POTCAR原子是不是对应的上。我看你POTIM设置的很小原子位置按理应该不会有很大的波动吧

李海恩 · 发表于 Post on 2024-9-29 09:41:44

KCM@SHU 发表于 2024-9-27 17:28
啥叫不会输出？有报错信息嘛？

谢谢lz回复我！是我NELECT写错了！
能否再请教一下lz吸附的计算过程QAQ，
为啥我按照原子半径算了成键距离以后进行吸附的结构优化，
HSO5-还是离催化剂越来越远

。。。。

KCM@SHU · 发表于 Post on 2024-9-27 17:28:48

李海恩发表于 2024-9-22 11:37
lz你好，可以借楼问一下HSO5-是如何优化的吗QAQ

为什么我用VASP就一直不输出呢

啥叫不会输出？有报错信息嘛？

李海恩 · 发表于 Post on 2024-9-22 11:37:54

lz你好，可以借楼问一下HSO5-是如何优化的吗QAQ

为什么我用VASP就一直不输出呢

get-it · 发表于 Post on 2024-7-5 00:37:53

Edit -> Bonds 里面看一下成键和显示的参数

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